<![CDATA[Respon awal dari organisme terhadap polusiadalah detoksifikasi melalui proses fisiologi, namunsebenarnya, respon sudah terjadi pada level molekuler.Pada level molekuler, bahan pencemar dapatmenyebabkan kerusakan kromosom atau mutasiDNA. yang dapat mengakibatkan hilang ataumunculnya situs restriksi. Oleh karena itu, sangatmungkin utnuk melakukan deteksi pencemaranmenggunakan penanda molekuler seperti PCRRFLPgen sitokrom c oksidase 1. Penelitian inidilakukan menggunakan metode survey denganpengambilan sampel secara purposive randomsampling. Sampel kerang totok dikoleksi selamasampling pada bulan April 2011 di Sungai Donandan Segara Anakan Cilacap. Enzim restriksi yangdigunakan sebanyak 10 buah. Enzim terpilih,kejadi-an mutasi, dan karakter molekuler analisissecara deskriptif berdasarkan kemunculan darifragmen RFLP pada gel agarosa. Hasil penelitianmenunjukan bahwa enzim yang dapat memotonggen sitokrom c oksidase 1 pada Polymesoda erosadari Segara Anakan Cilacap dan menghasilkanfragmen RFLP adalah Alu1 dan Vsp1, pemcemaranlogam berat khususnya Pb pada sedimen dapatmengakibatkan mutasi basa nukleotida pada gensitokrom c oksidase 1 dari Polymesoda erosa, inigen sitokrom c oksidase 1 dapat digunakan sebagaipenciri molekuler pada populasi Polymesoda erosayang hidup diperairan tercemar dan tidak tercemar,dan populasi kerang totok dari segaraanakan cilacap memiliki keragaman genetic yangtinggi meskipun jika dilihat dari masing-masingsubpopulasi ada subpopulasi yang tidak beragamdan ada yang beragam.Kata Kunci: Polusi, Polymesoda erosa, sitokrom coksidase 1, PCR RFLP, enzim restriksi]]>
