Article Per Year (5 Year)
p-Index From 2020 - 2025
0.408
P-Index
This Author published in this journals
All Journal Buletin Penelitian Tanaman Rempah dan Obat Buletin Penelitian Tanaman Rempah dan Obat
NFN Miftakhurohmah
Balai Penelitian Tanaman Rempah dan Obat
Agriculture, Biological Sciences & Forestry Decision Sciences, Operations Research & Management

Published : 6 Documents Claim Missing Document
Claim Missing Document
Check
Articles

Found 6 Documents
Search

 1 
DETEKSI CMV DAN PYMoV PADA BENIH LADA (Piper nigrum) DENGAN TEKNIK ELISA Maya Mariana; NFN Miftakhurohmah
Buletin Penelitian Tanaman Rempah dan Obat Vol 27, No 2 (2016): BULETIN PENELITIAN TANAMAN REMPAH DAN OBAT
Publisher : Pusat Penelitian dan Pengembangan Perkebunan

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.21082/bullittro.v27n2.2016.155-162

Abstract

Salah satu kendala penting pada budidaya tanaman lada yaitu penyakit kerdil yang disebabkan oleh Piper yellow mottle virus (PYMoV) dan Cucumber mosaic virus (CMV). Tindakan pencegahan penyebaran penyakit dapat dilakukan salah satunya dengan penggunaan benih sehat bebas dari infeksi PYMoV dan CMV. Tujuan penelitian adalah mendeteksi keberadaan PYMoV dan CMV pada benih lada siap tanam secara serologi menggunakan teknik ELISA. Benih lada yang dideteksi berumur 5 bulan, berasal dari penangkar benih di Sukabumi (Jawa Barat) dan Purbalingga (Jawa Tengah). Varietas lada yang diambil di Sukabumi adalah Natar 1, Petaling, dan Lampung Daun Kecil., masing-masing sebanyak 10 sampel, sedangkan di Purbalingga hanya ada Natar 1, diambil 30 sampel. Di setiap lokasi pembibitan juga dilakukan pengamatan terhadap gejala infeksi virus yang ditemukan. Deteksi virus dilakukan secara Double Antibody Sandwich (DAS)-ELISA menggunakan antiserum Banana streak virus (BSV) untuk PYMoV dan antiserum CMV untuk deteksi CMV. Hasil ELISA dibaca nilai absorbannya dengan elisa reader pada panjang gelombang 405 nm. Sampel dinilai positif, jika nilai absorbansinya 1,5 kali lebih besar daripada kontrol negatif. Gejala infeksi virus pada benih bervariasi, yaitu klorotik, belang, dan belang disertai perubahan bentuk daun. Hasil pengujian ELISA menunjukkan bahwa 66% benih lada dari Sukabumi dan 46% dari Purbalingga terinfeksi virus CMV. Namun, tidak ada satu pun yang menunjukkan reaksi positif terhadap antiserum PYMoV. Hal ini diduga karena konsentrasi PYMoV terlalu rendah sehingga tidak terdeteksi secara ELISA. Untuk mencegah penyebaran virus, deteksi virus pada benih lada penting dilakukan sebelum digunakan sebagai bahan tanaman. 
DETEKSI Piper yellow mottle virus (PYMoV) PENYEBAB PENYAKIT KERDIL PADA TANAMAN LADA SECARA Polymerase Chain Reaction (PCR) NFN Miftakhurohmah; Maya Mariana; Dono Wahyuno
Buletin Penelitian Tanaman Rempah dan Obat Vol 27, No 1 (2016): BULETIN PENELITIAN TANAMAN REMPAH DAN OBAT
Publisher : Pusat Penelitian dan Pengembangan Perkebunan

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.21082/bullittro.v27n1.2016.77-83

Abstract

Penyakit kerdil yang disebabkan oleh Piper yellow mottle virus (PYMoV) dan Cucumber mosaic virus (CMV) merupakan salah satu penyakit penting pada tanaman lada di Indonesia. Keberadaan PYMoV tidak mudah dikenal karena di lapang infeksi kedua virus dapat terjadi pada satu tanaman. Deteksi PYMoV pada sampel tanaman lebih akurat perlu dicari dan teknik molekuler dianggap paling sesuai untuk saat ini. Tujuan penelitian ini adalah mendeteksi PYMoV pada tanaman lada secara polymerase chain reaction (PCR) menggunakan pasangan primer spesifik PYMoV-F dan PYMoV-R. Isolasi total DNA tanaman lada dilakukan menggunakan ATP genomic DNA mini kit. Deteksi PYMoV secara molekuler dilakukan dengan teknik PCR menggunakan pasangan primer spesifik PYMo-F dan PYMoV-R. Untuk mengecek spesifitas primer yang digunakan, dilakukan perunutan nukleotida pada produk PCR yang dihasilkan. Runutan nukleotida yang diperoleh selanjutnya dianalisis dengan program BioEdit Sequence Alignment Editor, Complementor, Translate dan BLAST. DNA total hasil isolasi memiliki kualitas yang baik terlihat dari terbentuknya pita DNA yang utuh pada gel elektroforesis. Teknik PCR yang dilakukan berhasil mendapatkan pita DNA berukuran sekitar 450 pb (pasang basa) sesuai dengan prediksi dari desain primer. DNA yang didapatkan memiliki runutan nukleotida sebanyak 450 nukleotida yang ditranslasikan menjadi 148 asam amino. Hasil analisis BLAST runutan nukleotida menunjukkan bahwa isolat yang terdeteksi merupakan PYMoV yang memiliki kemiripan runutan nukleotida sebesar 92% dengan PYMoV asal Vietnam. Primer PYMoV-F dan PYMoV-R dapat digunakan untuk mendeteksi PYMoV pada tanaman lada.
KERAGAMAN GENETIK CUCUMBER MOSAIC VIRUS ASAL TANAMAN TAPAK DARA, NILAM, KARUK, MELATI, DAN KUMIS KUCING NFN Miftakhurohmah; Rita Noveriza; Maya Mariana
Buletin Penelitian Tanaman Rempah dan Obat Vol 31, No 2 (2020): Buletin Penelitian Tanaman Rempah dan Obat
Publisher : Pusat Penelitian dan Pengembangan Perkebunan

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.21082/bullittro.v31n2.2020.59-66

Abstract

Cucumber mosaic virus (CMV) symptoms are found in Catharanthus roseus, patchouly (Pogostemon cablin), cubeb (Piper chaba), Jasminum sambac and Java-tea (Orthosiphon aristatus); however, their genetic characterization has not been studied. The study aimed to molecularly characterize the CMV isolates from Catharanthus roseus, patchouly, cubeb, Jasminum sambac and Java-tea. Disease plant samples showing mosaic and yellow mosaic symptoms were collected from Petak Pamer Garden, ISMCRI, Bogor. Molecular characterization was carried out by reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) assay using a specific primer of CMV coat protein gene and DNA sequenced. Sequence analysis was performed using the BLAST, Bioedit, Genedoc, Mega 5 programs. The RT-PCR technique succeeded in amplifying a DNA band measuring 650 bp, according to the prediction of the primary design.  BLAST analyses revealed that all of these CMV isolates belonged to subgroup IB. Nucleotide sequence homology of CMV from C. roseus, patchouly, P. chaba, and J. sambac, were more than 95.00%. Based on the phylogenetic tree, these four isolates were closely related to CMV isolate from Japan (AB070622). Homology of the nucleotide sequence of CMV from Java-tea with the other four isolates was below 95.00%. This isolate clustered with CMV isolate from Indonesia (AB042294) and was separated with another four isolates according to the phylogeny tree. In the amino acid sequence alignment, Java-tea isolates had five different amino acids compared to the other four isolates. This result indicates the possibility of CMV transmission between patchouly, Java-tea, C. roseus and J. sambac, so it must be anticipated to prevent its spread. 
KERAGAMAN GENETIK CUCUMBER MOSAIC VIRUS ASAL TANAMAN TAPAK DARA, NILAM, KARUK, MELATI, DAN KUMIS KUCING NFN Miftakhurohmah; Rita Noveriza; Maya Mariana
Buletin Penelitian Tanaman Rempah dan Obat Vol 31, No 2 (2020): Buletin Penelitian Tanaman Rempah dan Obat
Publisher : Pusat Penelitian dan Pengembangan Perkebunan

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.21082/bullittro.v31n2.2020.59-66

Abstract

Cucumber mosaic virus (CMV) symptoms are found in Catharanthus roseus, patchouly (Pogostemon cablin), cubeb (Piper chaba), Jasminum sambac and Java-tea (Orthosiphon aristatus); however, their genetic characterization has not been studied. The study aimed to molecularly characterize the CMV isolates from Catharanthus roseus, patchouly, cubeb, Jasminum sambac and Java-tea. Disease plant samples showing mosaic and yellow mosaic symptoms were collected from Petak Pamer Garden, ISMCRI, Bogor. Molecular characterization was carried out by reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) assay using a specific primer of CMV coat protein gene and DNA sequenced. Sequence analysis was performed using the BLAST, Bioedit, Genedoc, Mega 5 programs. The RT-PCR technique succeeded in amplifying a DNA band measuring 650 bp, according to the prediction of the primary design.  BLAST analyses revealed that all of these CMV isolates belonged to subgroup IB. Nucleotide sequence homology of CMV from C. roseus, patchouly, P. chaba, and J. sambac, were more than 95.00%. Based on the phylogenetic tree, these four isolates were closely related to CMV isolate from Japan (AB070622). Homology of the nucleotide sequence of CMV from Java-tea with the other four isolates was below 95.00%. This isolate clustered with CMV isolate from Indonesia (AB042294) and was separated with another four isolates according to the phylogeny tree. In the amino acid sequence alignment, Java-tea isolates had five different amino acids compared to the other four isolates. This result indicates the possibility of CMV transmission between patchouly, Java-tea, C. roseus and J. sambac, so it must be anticipated to prevent its spread. 
DETEKSI CMV DAN PYMoV PADA BENIH LADA (Piper nigrum) DENGAN TEKNIK ELISA Maya Mariana; NFN Miftakhurohmah
Buletin Penelitian Tanaman Rempah dan Obat Vol 27, No 2 (2016): BULETIN PENELITIAN TANAMAN REMPAH DAN OBAT
Publisher : Pusat Penelitian dan Pengembangan Perkebunan

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.21082/bullittro.v27n2.2016.155-162

Abstract

Salah satu kendala penting pada budidaya tanaman lada yaitu penyakit kerdil yang disebabkan oleh Piper yellow mottle virus (PYMoV) dan Cucumber mosaic virus (CMV). Tindakan pencegahan penyebaran penyakit dapat dilakukan salah satunya dengan penggunaan benih sehat bebas dari infeksi PYMoV dan CMV. Tujuan penelitian adalah mendeteksi keberadaan PYMoV dan CMV pada benih lada siap tanam secara serologi menggunakan teknik ELISA. Benih lada yang dideteksi berumur 5 bulan, berasal dari penangkar benih di Sukabumi (Jawa Barat) dan Purbalingga (Jawa Tengah). Varietas lada yang diambil di Sukabumi adalah Natar 1, Petaling, dan Lampung Daun Kecil., masing-masing sebanyak 10 sampel, sedangkan di Purbalingga hanya ada Natar 1, diambil 30 sampel. Di setiap lokasi pembibitan juga dilakukan pengamatan terhadap gejala infeksi virus yang ditemukan. Deteksi virus dilakukan secara Double Antibody Sandwich (DAS)-ELISA menggunakan antiserum Banana streak virus (BSV) untuk PYMoV dan antiserum CMV untuk deteksi CMV. Hasil ELISA dibaca nilai absorbannya dengan elisa reader pada panjang gelombang 405 nm. Sampel dinilai positif, jika nilai absorbansinya 1,5 kali lebih besar daripada kontrol negatif. Gejala infeksi virus pada benih bervariasi, yaitu klorotik, belang, dan belang disertai perubahan bentuk daun. Hasil pengujian ELISA menunjukkan bahwa 66% benih lada dari Sukabumi dan 46% dari Purbalingga terinfeksi virus CMV. Namun, tidak ada satu pun yang menunjukkan reaksi positif terhadap antiserum PYMoV. Hal ini diduga karena konsentrasi PYMoV terlalu rendah sehingga tidak terdeteksi secara ELISA. Untuk mencegah penyebaran virus, deteksi virus pada benih lada penting dilakukan sebelum digunakan sebagai bahan tanaman. 
DETEKSI Piper yellow mottle virus (PYMoV) PENYEBAB PENYAKIT KERDIL PADA TANAMAN LADA SECARA Polymerase Chain Reaction (PCR) NFN Miftakhurohmah; Maya Mariana; Dono Wahyuno
Buletin Penelitian Tanaman Rempah dan Obat Vol 27, No 1 (2016): BULETIN PENELITIAN TANAMAN REMPAH DAN OBAT
Publisher : Pusat Penelitian dan Pengembangan Perkebunan

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.21082/bullittro.v27n1.2016.77-83

Abstract

Penyakit kerdil yang disebabkan oleh Piper yellow mottle virus (PYMoV) dan Cucumber mosaic virus (CMV) merupakan salah satu penyakit penting pada tanaman lada di Indonesia. Keberadaan PYMoV tidak mudah dikenal karena di lapang infeksi kedua virus dapat terjadi pada satu tanaman. Deteksi PYMoV pada sampel tanaman lebih akurat perlu dicari dan teknik molekuler dianggap paling sesuai untuk saat ini. Tujuan penelitian ini adalah mendeteksi PYMoV pada tanaman lada secara polymerase chain reaction (PCR) menggunakan pasangan primer spesifik PYMoV-F dan PYMoV-R. Isolasi total DNA tanaman lada dilakukan menggunakan ATP genomic DNA mini kit. Deteksi PYMoV secara molekuler dilakukan dengan teknik PCR menggunakan pasangan primer spesifik PYMo-F dan PYMoV-R. Untuk mengecek spesifitas primer yang digunakan, dilakukan perunutan nukleotida pada produk PCR yang dihasilkan. Runutan nukleotida yang diperoleh selanjutnya dianalisis dengan program BioEdit Sequence Alignment Editor, Complementor, Translate dan BLAST. DNA total hasil isolasi memiliki kualitas yang baik terlihat dari terbentuknya pita DNA yang utuh pada gel elektroforesis. Teknik PCR yang dilakukan berhasil mendapatkan pita DNA berukuran sekitar 450 pb (pasang basa) sesuai dengan prediksi dari desain primer. DNA yang didapatkan memiliki runutan nukleotida sebanyak 450 nukleotida yang ditranslasikan menjadi 148 asam amino. Hasil analisis BLAST runutan nukleotida menunjukkan bahwa isolat yang terdeteksi merupakan PYMoV yang memiliki kemiripan runutan nukleotida sebesar 92% dengan PYMoV asal Vietnam. Primer PYMoV-F dan PYMoV-R dapat digunakan untuk mendeteksi PYMoV pada tanaman lada.
Co-Authors Dono Wahyuno Maya Mariana Rita Noveriza