Kusta (lepra) atau Morbus Hansen merupakan penyakit menular yang menahun dan disebabkan oleh kuman kusta (Mycobacterium Leprae) yang menyerang syaraf tepi, kulit dan jaringan tubuh lainnya. Kasus kusta di Jawa Timur menduduki urutan pertama di Indonesia. Analisis regresi linier merupakan pemodelan statistik yang digunakan untuk memperoleh hubungan antara variabel prediktor dan variabel respon. Geographically Weighted Regression (GWR) merupakan pengembangan dari regresi linier yang digunakan untuk menganalisis data spasial. Pada penelitian ini diduga terdapat perbedaan faktor-faktor yang mempengaruhi angka prevalensi kusta antara wilayah yang satu dan lainnya, karena pengaruh spasial. Sehingga digunakan pendekatan Geographically Weighted Regression (GWR) untuk menentukan faktor yang mempengaruhi di setiapĀ kabupaten/kota di Jawa Timur. Hasil penelitian menyimpulkan bahwa pemodelan angka prevalensi kusta di Jawa Timur menunjukkan adanya pengaruh aspek spasial. Bandwidth optimum yang diperoleh dengan menggunakan kriteria CV adalah sebesar 0,3214365, pemilihan pembobot fungsi kernel yang terpilih dengan kriteria AIC terkecil adalah kernel Gaussian. Model GWR menghasilkan R2 sebesar 98,41% lebih besar dari model regresi linier yaitu 53,2%. Faktor geografis berpengaruh terhadap kejadian angka prevalensi kusta di Jawa Timur, sehingga model GWR yang terbentuk di setiap kabupaten/kota berbeda. Faktor persentase kasus baru kusta 0-14 tahun berpengaruh signifikan pada sebagian besar kabupaten/kota di Jawa Timur.