Irfan Martiansyah
Pusat Penelitian Konservasi Tumbuhan dan Kebun Raya - LIPI

Published : 3 Documents Claim Missing Document
Claim Missing Document
Check
Articles

Found 3 Documents
Search

Re-inventarisasi dan pemutakhiran data suku myrtaceae yang berpotensi buah koleksi kebun raya bogor Irfan Martiansyah
Prosiding Seminar Biologi Vol 6 No 1 (2020): PROSIDING SEMINAR NASIONAL BIOLOGI DI ERA PANDEMI COVID-19 (OKTOBER 2020)
Publisher : Jurusan Biologi, Fakultas Sains dan Teknologi, Universitas Islam Negeri Alauddin Makassar

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.24252/psb.v6i1.14551

Abstract

Myrtaceae merupakan salah satu suku terbesar di dunia. Lebih dari 5000 jenis dan 140 marga telah ditemukan. Tiga marga terbesar, yaitu Syzygium, Eugenia dan Psidium, diketahui memiliki lebih dari 100 jenis dan berpotensi menghasilkan buah yang dapat dimakan manusia (edible). Ketiga marga tersebut terkoleksi dengan baik di Kebun Raya Bogor sebagai spesimen hidup. Koleksi hidup Myrtaceae tersebar pada 54 vak di area seluas lebih dari 80 hektar, sehingga diperlukan pemeliharaan dan perawatan yang efisien. Akan tetapi, dengan area yang luas tersebut disinyalir terdapat beberapa kekurangan dalam pendataan koleksi dan pelabelan di kebun. Oleh karena itu, diperlukan re-inventarisasi dan pemutakhiran data terupdate yang disesuaikan dengan kondisi saat ini. Hasil re-inventarisasi menunjukkan bahwa terdapat penambahan jenis koleksi hidup Myrtaceae sebanyak 17 jenis antara tahun 2016 hingga 2019. Selain itu, sebanyak 13 jenis koleksi yang mati di kebun dan ketidaksesuaian pelabelan masih belum terupdate dengan kondisi terkini. Lebih jauh diketahui terdapat revisi 5 jenis Myrtaceae berdasarkan accepted species secara taksonomi. Dari studi literatur diketahui lebih dari setengah jumlah jenis koleksi Myrtaceae di Kebun Raya Bogor berpotensi buah dan dapat dimakan manusia. Re-inventarisasi dan pemutakhiran data koleksi di Kebun Raya Bogor harus dilakukan secara berkelanjutan karena pendataan koleksi dan pemeliharaannya di kebun terus menerus dilakukan agar koleksi hidup Myrtaceae dapat terjaga dengan baik.
Studi in silico DNA barcoding pada bunga soka (Ixora) Alifah Nur Anzani; Irfan Martiansyah; Nia Yuliani
Prosiding Seminar Biologi Vol 7 No 1 (2021): PROSIDING BIOLOGI ACHIEVING THE SUSTAINABLE DEVELOPMENT GOALS WITH BIODIVERSITY I
Publisher : Jurusan Biologi, Fakultas Sains dan Teknologi, Universitas Islam Negeri Alauddin Makassar

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.24252/psb.v7i1.23693

Abstract

Ixora merupakan genus tumbuhan dari famili Rubiaceae yang memiliki lebih dari 500 spesies. Genus ini, tersebar di area tropis Asia dan Afrika dengan keragaman terbesar tersebar di Asia Tenggara. Di Indonesia, Ixora dinamakan juga bunga Soka dan populer sebagai tanaman hias. Bunga Soka memiliki bentuk yang menarik dan warna bunga yang bervariasi. Penelitian DNA barcoding mengenai tumbuhan Ixora belum banyak dilakukan, oleh karena itu diperlukan studi awal yang bertujuan menganalisis kekerabatan Ixora dengan menggunakan sekuen gen rbcL,trnL, dan matK berbasis in silico. Metode yang dilakukan dalam DNA barcoding bunga Soka Ixora adalah dengan studi in silico menggunakan Genbank (NCBI). Sekuen DNA dikoleksi dari basis data NCBI dengan mencari nama spesies dan gen yang digunakan yaitu  matK, rbcL, dan trnL. Selanjutnya data dianalisis menggunakan CLUSTAL W untuk menentukan tingkat homologi antar sekuen melalui penjajaran sekuen, identifikasi sekuen yang berpotensi sebagai barcode, dan rekosntruksi pohon filogenetik menggunakan MEGA X. Hasil studi in silico menunjukkan bahwa penjajaran dengan menggunakan lokus trnL, matK dan rbcL memiliki tingkat homologi yang relatif tinggi. Akan tetapi, gen rbcL memberikan gambaran yang informatif mengenai topologi pohon kekerabatan molekuler dari Ixora pada tingkat spesies dibandingkan dengan gen trnL dan gen matK. Selain itu, gen rbcL diketahui dapat memperlihatkan karakter spesifik dari Ixora sehingga diduga dapat dijadikan sebagai barcode untuk mengidentifikasi spesies-spesies Ixora di Kebun Raya Bogor melalui pendekatan molekuler.
Mini Review: Pendekatan molekuler DNA barcoding: Studi kasus identifikasi dan analisis filogenetik Syzygium (Myrtaceae) Irfan Martiansyah
Prosiding Seminar Biologi Vol 7 No 1 (2021): PROSIDING BIOLOGI ACHIEVING THE SUSTAINABLE DEVELOPMENT GOALS WITH BIODIVERSITY I
Publisher : Jurusan Biologi, Fakultas Sains dan Teknologi, Universitas Islam Negeri Alauddin Makassar

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.24252/psb.v7i1.23712

Abstract

Syzygium adalah salah satu genus terbesar dalam famili Myrtaceae yang terdiri dari sekitar 1200-1800 spesies. Spesiesnya hanya diketahui sebanyak 1.123 spesies (81,7%) dan sebanyak 240 (17,5%) adalah sinonim dari nama spesies tersebut. Hal ini disebabkan sulitnya identifikasi spesies Syzygium berdasarkan karakter morfologis. Beberapa spesies menunjukkan karakter yang tumpang tindih, terutama bunganya. Tingkat kepercayaan penempatan taksa untuk Syzygium adalah 98,0%. Identifikasi berbasis karakter morfologis terkadang tidak dapat diandalkan, karena dapat dipengaruhi oleh lingkungan sehingga menyebabkan kesulitan dalam proses identifikasi. DNA barcoding sebagai salah satu pendekatan molekuler yang dapat diandalkan mampu mengidentifikasi spesimen menggunakan fragmen sekuen gen yang sangat pendek (gen penanda). Gen MaturaseK (matK), Rubisco (rbcL), internal transcribed spacer (ITS) adalah gen-gen penanda yang digunakan dalam DNA barcoding tanaman. Gen-gen tersebut memiliki peran penting dalam identifikasi spesies, distribusi genetik spesies serta dalam rekonstruksi filogenetik tanaman. Dalam ulasan ini, penggunaan gen-gen dalam pendekatan DNA barcoding di genus Syzygium akan dipaparkan dengan jelas. Pada Myrtaceae, khususnya genus Syzygium, gen penanda daerah internal transcribed spacer (ITS), ETS, trnL-trnF intergenic spacer, psbA-trnH intergenic spacer, matK, rbcL, dan ndhF telah berhasil diaplikasikan. Meskipun tidak ada satu sekuen spesifik penanda (barcode) yang relatif cocok dan direkomendasikan sebagai standar untuk DNA barcoding genus Syzygium. Namun demikian, ada beberapa kandidat sekuen yang menjanjikan, seperti yang disebutkan di atas yang telah terbukti bermanfaat dalam beberapa kondisi.Syzygium adalah salah satu genus terbesar dalam famili Myrtaceae yang terdiri dari sekitar 1200-1800 spesies. Spesiesnya hanya diketahui sebanyak 1.123 spesies (81,7%) dan sebanyak 240 (17,5%) adalah sinonim dari nama spesies tersebut. Hal ini disebabkan sulitnya identifikasi spesies Syzygium berdasarkan karakter morfologis. Beberapa spesies menunjukkan karakter yang tumpang tindih, terutama bunganya. Tingkat kepercayaan penempatan taksa untuk Syzygium adalah 98,0%. Identifikasi berbasis karakter morfologis terkadang tidak dapat diandalkan, karena dapat dipengaruhi oleh lingkungan sehingga menyebabkan kesulitan dalam proses identifikasi. DNA barcoding sebagai salah satu pendekatan molekuler yang dapat diandalkan mampu mengidentifikasi spesimen menggunakan fragmen sekuen gen yang sangat pendek (gen penanda). Gen MaturaseK (matK), Rubisco (rbcL), internal transcribed spacer (ITS) adalah gen-gen penanda yang digunakan dalam DNA barcoding tanaman. Gen-gen tersebut memiliki peran penting dalam identifikasi spesies, distribusi genetik spesies serta dalam rekonstruksi filogenetik tanaman. Dalam ulasan ini, penggunaan gen-gen dalam pendekatan DNA barcoding di genus Syzygium akan dipaparkan dengan jelas. Pada Myrtaceae, khususnya genus Syzygium, gen penanda daerah internal transcribed spacer (ITS), ETS, trnL-trnF intergenic spacer, psbA-trnH intergenic spacer, matK, rbcL, dan ndhF telah berhasil diaplikasikan. Meskipun tidak ada satu sekuen spesifik penanda (barcode) yang relatif cocok dan direkomendasikan sebagai standar untuk DNA barcoding genus Syzygium. Namun demikian, ada beberapa kandidat sekuen yang menjanjikan, seperti yang disebutkan di atas yang telah terbukti bermanfaat dalam beberapa kondisi.