Penelitian bertujuan untuk mengetahui pengaruh letak biji dalam buah dan tiga macam pupuk terhadap daya tumbuh dan pertumbuhan bibit nangka serta menentukan atau mendapatkan letak biji dalam buah dan tiga macam pupuk organik yang terbaik. Penelitian ini dilaksanakan di rumah kaca Fakultas Pertanian Universitas Gadjah Mada Yogyakarta pada bulan Oktober 2013 sampai Februari 2014. Rancangan percobaan yang digunakan adalah metode 3x4 faktorial dengan tiga ulangan yang disusun dalam Rancangan Acak Lengkap (RAL). Faktor pertama adalah letak biji dalam buah. Terdapat 3 aras yaitu (1) letak biji bagian pangkal; (2) letak biji bagian tengah; (3) letak biji bagian ujung. Faktor kedua adalah pupuk organik. Terdapat 4 aras yaitu (1) pupuk kandang sapi; (2) pupuk kandang ayam; (3) pupuk kandang kambing dan (4) tanpa pupuk kandang (kontrol). Data pengamatan dianalisis dengan varian (ANOVA) pada taraf 5 %, bila ada beda nyata antar perlakuan dilanjutkan dengan Duncan multiple Range Test (DMRT). Hasil penelitian menunjukkan bahwa terjadi interaksi antara letak biji dalam buah dan macam pupuk kandang pada indeks vigor hipotetik, berat kering tajuk tetapi interaksi tidak terjadi pada berat kering akar. Kombinasi perlakuan dari letak biji bagian pangkal dan tanpa pupuk memberikan nilai yang tertinggi pada vigor hipotetik dan berat kering tajuk. Berat kering akar paling tinggi terdapat pada bibit yang berasal dari letak biji bagian pangkal atau bibit yang tanpa diberi pupuk kandang.Kata kunci: Nangka, letak biji, pupuk organik.