Kehadiran system perbankan syari’ah di Indonesia pada gilirannya menuntut adanya perubahan diberbagai bidang, selain penyempurnaan terhadap sisi kelembagaan, perlu juga memperhatikan sisi hukum sebagai landasan penyelenggaraan perbankan syari’ah untuk mengantisipasi munculnya berbagai macam permasalahan dalam operasionalisasinya. Untuk itu, kehadiran system perbankan syari’ah di Indonesia tidak hanya menuntut perubahan peraturan perundang-undangan dalam perbankan saja, akan tetapi juga berimplikasi pada peraturan perundang-undangan yang mengatur institusi yang berwenag mengadili apabila terjadi sengketa antara paha pihak. Namun lahirnya beberapa peraturan perundang-undangan ternyata menimbulkan polemik dalam penyelesaian sengketa perbankan syari’ah yaitu Undang-Undang Nomor 3 Tahun 2006 yang memberi wewenang Peradilan Agama dalam bidang ekonomi syari’ah sebagaimana tercantum dalam Pasal 49 huruf (i) ternyata masih diperdebatkan dengan hadirnya Undang-Undang Nomor 21 Tahun 2008 tentang Perbankan Syariah Pasal 55 ayat (2) dan ayat (3), sehingga dapat menimbulkan adanya persoalan konstitusional yang pada akhirnya dapat memunculkan ketidakpastian hukum bagi nasabah dan juga Unit Usaha Syari’ah dan juda dapat menimbulkan disharmony karena terjadi tumpang tindih kewenangan untuk mengadili antar badan peradilan. Untuk itu, lahirnya putusan Mahkamah Konstitusi RI Nomor : 93/ PUU-X/2012 tanggal 29 Agustus 2013 telah menjawab berbagai persoalan yang terjadi saat ini yaitu ketidakpastian hukum penyelesaian sengketa perbankan syari’ah. Sebagaimana disebutkandalam amar putusan yang menyatakan bahwa Penjelasan Pasal 55 ayat (2) bertentangan dengan Undang-Undang Dasar 1945 dan dinyatakan tidak mempunyai kekuatan hukum tetap. Oleh karena itu, dengan lahirnya putusan Mahkamah Konstitusi tersebut hak nasabah dan unit usaha syari’ah untuk mendapat kepastian hukum akan terpenuhi sebagaimana amanat Pasal 28D ayat (1) Undang-Undang Dasar 1945 dan juga memberikan wewenang absolut Pengadilan Agama untuk mengadili sengketa perbankan syari’ah sebagaimana amanat Pasal 49 huruf (i) Undang-Undang Nomor 3 Tahun 2006.