Rotifer Branchionus plicatilis hingga saat ini masih merupakan pakan alami utama dalam pembenihan ikan – ikan laut dan belum dapat tergantikan sepenuhnya oleh pakan buatan. Karakteristik rotifer sebagai biocapsule dapat meningkatkan kualitas rotifer secara praktis. Bacillus sp. mampu memperbaiki nutrisi rotifer proses pengoptimalan penyerapan nutrisi dan memproduksi asam lemak essensial. Penelitian ini bertujuan untuk melihat pengaruh pengkayaan Bacillus sp. terhadap kualitas asam lemak rotifer. Wadah penelitian menggunakan bak fiber volume 1 ton yang berisikan Nannochloropsis sp. dengan kepadatan 105 cell/mL, kemudian ditebari rotifer dengan kepadatan 1.000 ind./mL. Jenis bakteri yang digunakan berupa Bacillus subtilis, B. Pumilus dan B. Licheformis dengan kepadatan 2 x 1010 cfu/g. Perlakuan yang diujikan adalah lama pengkayaan probiotik Bacillus sp. yang berbeda, yaitu perlakuan A (0 jam), perlakuan B (5 Jam), perlakuan C (10 jam) dan perlakuan D (15 jam). Sebagai data pembanding dilakukan percobaan kultur rotifer dengan Nannochloropsis sp. sebagai kontrol. Jumlah wadah penelitian yang dipergunakan sebanyak 24 buah yang terdiri atas 12 buah untuk perlakuan dan 12 buah sebagai kontrol. Peubah yang diukur berupa kandungan asam lemak pada masing-masing perlakuan. Hasil penelitian menunjukkan bahwa perlakuan lama pengkayaan dengan Bacillus sp. berpengaruh nyata (P0,05) terhadap peningkatan kandungan nutrisi asam lemak rotifer. Pengkayaan optimal diperoleh pada 5 – 10 jam.Kata Kunci: Rotifer, bacillus, periode pengkayaan, asam lemak