Penerapan segregasi biasa terjadi di pesantren tradisional dan modern, namun lain halnya jika diterapkan di lembaga pendidikan formal yaitu Madrasah Aliyah Putra dan Putri Al Irsyad. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis penerapan segregasi gender dalam pembelajaran PAI untuk mengembangkan kualitas kedisiplinan siswa. Penelitian ini bertujuan untuk menjelaskan implementasi segregasi kelas berbasis gender dalam pengembangan karakter disiplin dengan merumuskan tiga fokus penelitian yaitu: 1) Bagaimana implementasi segregasi gender dalam pembelajaran pendidikan agama Islam di MA Al Irsyad dan MA Al Irsyad Putri. Angkatan 2023. 2). Apa saja faktor pendukung dan penghambat terjadinya segregasi gender dalam pembelajaran pendidikan agama Islam pada siswa MA Al Irsyad 3). Apa dampak segregasi gender dalam pembelajaran pendidikan agama Islam terhadap pengembangan karakter disiplin siswa MA Al Irsyad dan MA Al Irsyad Putri. Metode pengumpulan data yang digunakan peneliti adalah observasi, wawancara dan pencatatan. Pengecekan keabsahan data dilakukan melalui observasi tekun, triangulasi, dapat dipercaya, dapat diandalkan, dan dapat dikonfirmasi. Informan penelitian ini adalah kepala madrasah, wakakul, guru dan siswa. Hasil penelitian menunjukkan bahwa: 1) Segregasi gender telah diterapkan sepenuhnya pada kedua program magister, yaitu dipisahkan sepenuhnya dari pembelajaran dan struktur organisasi sekolah terhadap tempat dan lingkungan. Segregasi tidak hanya terjadi pada mata pelajaran PAI tetapi pada semua mata pelajaran. 2) MA Putra dan Perempuan Al Irsyad Faktor pendukung penerapan segregasi gender adalah infrastruktur khusus dan struktur manajemen yang terpisah antara laki-laki dan perempuan. Hal ini tidak hanya melibatkan pemisahan kelas dan asrama tetapi juga koordinasi antara pimpinan madrasah laki-laki dan perempuan. Selain itu, kedua peraturan Guru tersebut hanya menerima siswa berdasarkan gender, yang juga mendukung penerapan segregasi gender. Secara keseluruhan, tidak ada hambatan atau hambatan besar dalam penerapan segregasi gender, beberapa guru dan siswa perempuan menyebutkan beberapa hambatan seperti kurangnya antusiasme siswa perempuan terhadap guru perempuan. 3) Segregasi gender juga berperan penting dalam membentuk karakter kedisiplinan siswi, yang tercermin dari kedisiplinan siswi menutup aurat dan tetap santun dalam berinteraksi dengan ustadz dan ustadzah. Manfaat segregasi gender antara lain meningkatkan rasa percaya diri, kebebasan berekspresi, dan kemampuan mengekspresikan ide di dalam kelas