Latar belakang. Infeksi jamur sistemik merupakan salah satu penyebab morbiditas dan mortalitas padaneonatus dengan gejala klinis yang mirip dengan sepsis. Mengetahui prevalens, pola jamur, faktor risiko,profil klinis, terapi, dan luaran klinis diharapkan dapat mengurangi morbiditas dan mortalitas infeksi jamurpada neonatus.Tujuan. Mengetahui prevalens dan faktor risiko mikosis sistemik pada neonatus dengan sepsis awitanlambat.Metode. Studi potong lintang retrospektif dengan penelusuran rekam medis Departemen Ilmu KesehatanAnak sejak bulan Januari 2005- Desember 2008.Hasil. Seratus empat puluh satu neonatus mengalami sepsis awitan lambat, 10 subjek tidak memenuhikriteria inklusi sehingga terdapat 131 subjek yang dapat dianalisis. Lima puluh lima (42%) subjek terbuktimengalami infeksi mikosis sistemik. Manifestasi klinis yang mencolok adalah infeksi pada sistem respirasidan gastrointestinal. Faktor risiko infeksi jamur yang ditemukan pada studi ini adalah pemasangan kateterintravena, nutrisi parenteral, dan masa rawat lama. Profil laboratorium yang jelas adalah trombositopeni,CRP> 10, dan rasio IT >0,2. Setelah dilakukan analisis multivariat dan regresi logistik maka faktor risikoyang bermakna adalah muntah, tidak diare, dan masa rawat lama.Kesimpulan.Prevalens infeksi jamur sistemik pada sepsis awitan lambat 42% dengan penyebab Candida sp. Faktorrisiko yang bermakna adalah muntah, tidak diare, dan masa rawat lama.Â