Biodiesel merupakan bahan bakar alternatif ramah lingkungan dan bersifat terbarukan. Biodiesel secara substansi kimia merupakan metil atau etil ester dari asam lemak rantai panjang sehingga dapat disintesis dari berbagai jenis sumber asam lemak hayati. Minyak biji kapuk adalah salah satu sumber asam lemak hayati potensial karena umumnya memiliki kadar asam lemak bebas tinggi sehingga terkelompok sebagai minyak non pangan. Sintesis biodiesel dapat dilakukan dengan berbagai modifikasi metode, salah satunya dengan memanfaatkan ozon sebagai agen pengoksidasi untuk menyederhanakan struktur molekul trigliserida dari minyak, dan melibatkan pemakaian gelombang ultrasonik untuk membantu proses pencampuran antar bahan. Tujuan dari penelitian ini adalah mempelajari pengaruh tahap ozonasi dan lama waktu transesterifikasi dengan bantuan gelombang ultrasonik terhadap karakteristik biodiesel yang dihasilkan dari minyak biji kapuk. Hasil penelitian menunjukkan bahwa ozonasi terhadap minyak biji kapuk selama 120 menit telah berhasil menyederhanakan struktur molekul trigliserida dari minyak. Transesterifikasi selama 180 menit terhadap minyak biji kapuk dengan bantuan gelombang ultrasonik pada frekuensi 25 kHz menghasilkan rendemen biodiesel tertinggi. Biodiesel yang dihasilkan dari semua variasi lama waktu transesterifikasi telah memenuhi Standar Biodiesel berdasarkan parameter bilangan asam, titik nyala, dan densitas. Namun beradasarkan parameter viskositas belum memenuhi syarat.