Eksplorasi dan kajian potensi mikroba endofit dari hutan tropis menjadi fokus penting dalam usaha pencarian sumber senyawa bioaktif antimikroba berbasis bahan alam seiring dengan makin meningkatnya resistensi bakteri terhadap antibiotik yang ada sekarang. Salah satu jenis tumbuhan inang yang unik dan spesifik bagi mikroba endofit yang potensial sebagai penghasil senyawa bioaktif adalah tanaman cengkeh (Syzigium aromaticum) L.Merry & Perry var Afo II yang tumbuh di pulau Ternate dan telah berumur lebih dari 100 tahun. Keberadaan cengkeh afo II yang hanya satu individu tersebut (langka) suatu saat akan mati dan punah baik karena faktor usia maupun faktor alam, mengingat Pulau Ternate berada di wilayah gunung Gamalama yang masih aktif. Dengan demikian, akan mati dan punah juga mikroba endofit dalam tanaman tersebut. Mengingat peran dan potensi mikroba endofit yang sangat besar, terlebih lagi jika endofit tersebut diisolasi dari substrat yang spesifik seperti cengkeh afo II dari Ternate, maka ekplorasi dan konservasi mikroba endofit dari tanaman tersebut menjadi sangat urgen untuk dilakukan agar setiap saat dapat digunakan dan dikembangkan untuk berbagai bidang baik kesehatan, pertanian maupun industri. Kata kunci: eksplorasi, potensi, konservasi, Syzygium aromaticum L Merr&Perry var.Afo II