Article Per Year (5 Year)
p-Index From 2021 - 2026
0
P-Index
This Author published in this journals
All Journal MATHunesa: Jurnal Ilmiah Matematika
Antri Wulandari
Program Studi Matematika, FMIPA, Universitas Negeri Surabaya
Mathematics

Published : 1 Documents Claim Missing Document
Claim Missing Document
Check
Articles

Found 1 Documents
Search

 1 
Aplikasi Support Vector Machine (SVM) untuk Pencarian Binding Site Protein-Ligan Antri Wulandari
MATHunesa: Jurnal Ilmiah Matematika Vol 8 No 2 (2020)
Publisher : Universitas Negeri Surabaya

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (1318.231 KB) | DOI: 10.26740/mathunesa.v8n2.p157-161

Abstract

Drug design (desain obat) telah banyak dikembangkan dengan berbantuan komputer. Langkah awal dalam desain obat berbantuan komputer yaitu dengan mencari daerah binding site suatu protein. Binding site adalah suatu rongga pada permukaan protein yang berperan sebagai tempat melekatnya suatu ligan. Dalam penelitian ini, prediksi binding site protein-ligan dirumuskan sebagai klasifikasi biner, yaitu sebagai pembeda daerah berpotensi mengikat ligan dan daerah yang tidak berpotensi mengikat ligan. Dataset yang akan digunakan dalam penelitian ini yaitu diambil dari webserver RCSB Protein Data Bank) sebanyak 14 data protein. Untuk menyelesaikan masalah klasifikasi tersebut, dipilihlah metode Support Vector Machine (SVM). Hasil dari penelitian ini diperoleh rata-rata training untuk akurasi 99,02%, precision 99,04%, recall 99,02%, f-measure 99,02%, MCC 96,84%, ROC 92,82%, PRC 93,71%, dan rata-rata waktu training sebesar 18,92 detik. Serta didapat rata-rata akurasi testing sebesar 95,98 % dan rata-rata waktu test sebesar 0,03642 detik. Kata kunci: drug design, Support Vector Machine (SVM)
Co-Authors