The research had determined the effect of antimicrobial growth promoter and prebiotics to intestinal microflora population of common carp (Cyprinus carpio). The experiment was used completely randomized design, the treatment were several mixing pellet contains antibiotic and prebiotics. There were six treatments in this research; T0: control, T1: streptomicyne (S200), T2: tetracycline (T200), T3: amphicyline (A200), T4: commercial prebiotic, and T5: 2% MOS. Each treatment were replicated three times. The treatments were observed in two ways in vitro and in vivo. Tripticase Soy Broth (TSB) which already contains treatments was used as media to culture the microflora (in vitro). Feed treatments were given to common carp size 15-25 g for 8 days (in vivo). Both in vitro and in vivo microflora assessments use two different media TSA (Tripticase Soy Agar) and MRSA. The in vitro showed that tetracycline 200 ppm (T200) highly significant (P<0.05) decreased microflora population. Death microflora percentage in vitro showed tetracycline 200 significantly (P<0.05) destroyed 99.8% (P<0.05). Therefore, commercial prebiotic 2% and MOS 2% gave the best performance in increasing microflora population significantly (P<0.05) both in TSA and MRSA media. The in vivo also showed that tetracycline 200 (T200) highly significant (P<0.05) decreased microflora population of intestine. The best growth of microflora intestine profile was shown by commercial prebiotic 2% and MOS 2% (P<0.05). This research prove that prebiotic is better and saver than antibiotic to be apply in aquaculture. AbstrakPenelitian bertujuan untuk melihat efek zat pemacu pertumbuhan yang bersifat antimikroba dan prebiotik terhadap po-pulasi mikroflora saluran pencernaan ikan mas. Metode analisis data yang digunakan adalah Rancangan Acak Lengkap (RAL), perlakuan merupakan pelet yang telah dicampur dengan beberapa antibiotik dan prebiotik. Terdapat enam perlakuan dalam penelitian ini; T0: kontrol, T1: streptomisin (S200), T2: tetrasiklin (T200), T3: amfisilin (A200), T4: prebiotik komersial, dan T5: 2% MOS, masing-masing terdapat tiga ulangan. Pengamatan dilakukan dengan dua cara yaitu, in vitro dan in vivo. Media yang digunakan untuk memperbanyak mikroflora (in vitro) adalah Tripticase Soy Broth (TSB) yang telah terdapat perlakuan di dalamnya. Pakan uji diberikan pada ikan mas ukuran 15-25 g selama delapan hari (in vivo). Pengamatan pertumbuhan mikroflora secara in vitro dan in vivo, menggunakan dua media yang berbeda Tripticase Soy Agar (TSA) dan the Man Rogossa Sharp Agar (MRSA). Hasil penelitian secara in vitro menunjukkan bahwa antibiotik tetrasiklin 200 ppm (T200) secara nyata (P<0,05) menurunkan populasi mikroflora saluran pencernaan. Persentase kematian mikroflora secara in vitro memperlihatkan antibiotik tetrasiklin 200 ppm (T200) dapat mematikan mikroflora hingga 99,8% (P<0,05). Prebiotik komersial 2% dan MOS 2% memberikan hasil terbaik dalam meningkatkan populasi mikroflora saluran pencernaan (P<0,05) baik pada media TSA atau MRSA. Hasil pengamatan secara in vivo juga menunjukkan bahwa antibiotik tetrasiklin 200 ppm (T200) secara nyata menurunkan populasi mikroflora saluran pencernaan. Pertumbuhan mikroflora saluran pencernaan secara in vivo yang terbaik ditun-jukkan oleh perlakuan yang mengandung prebiotik komersial 2% dan MOS 2% (P<0,05). Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa penambahan prebiotik lebih baik dan aman dibandingkan antibiotik untuk diterapkan dalam budi daya perairan.