Dalam kaitannya dengan fungsi bank, pembiayaan merupakan fungsi yang terpenting pada bank syariah. Dimana apabila pembiayaan yang disalurkan kepada masyarakat yang semakin berkembang tentu saja juga akan berpotensi menimbulkan adanya pembiayaan bermasalah atau biasa disebut Non Performing Financed (NPF). Dengan adanya NPF, pendapatan margin yang didapatkanpun menjadi berkurang dan berakibat akan berpengaruh pada perolehan laba. Untuk itu penelitian ini bertujuan untuk menganalisis pengaruh dari resiko dari NPF pada pembiayaan Murabahah dan Mudharabah terhadap Return on Assets (ROA) pada bank syariah khususnya pada Bank Muamalat Indonesia. Pada penelitian ini menggunakan metode analisis deskriptif dan verifikatif. Untuk mengolah dan menganalisis data yang diperoleh serta membuat kesimpulan penelitian digunakan alat statistik regresi linear berganda, korelasi, determinasi dan pengujian hipotesis secara parsial dengan uji t dan secara simultan dengan uji F dengan bantuan SPSS versi 22 . Data diperoleh melalui laporan keuangan tahunan mulai dari periode tahun 2005 sampai dengan tahun 2014.Hasil analisis data atau hasil regresi menunjukan secara parsial bahwa NPF Murabahah berpengaruh terhadap ROA pada Bank Muamalat Indonesia, dan pada NPF Mudharabah dinyatakan pula berpengaruh terhadap ROA. Maka secara simultan atau secara bersama-sama juga dapat disimpulkan bahwa NPF Murabahah dan NPF Mudharabah berpengaruh terhadap Return on Assets (ROA) pada Bank Muamalat Indonesia, Tbk. Kata kunci : Murabahah, Mudharabah, Non Performing Financed (NPF) dan Return on Assets