Penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan perangkat pembelajaran biologi berbasis masalah yang mengintegrasikan nilai-nilai Islam untuk meningkatkan penguasaan konsep siswa. Penelitian pengembangan ini mengacu pada model pengembangan 4D yang terdiri dari tahap Define, Design, Development, Disseminate. Uji validitas perangkat pembelajaran dilakukan oleh tiga ahli pembelajaran biologi sebagai validator. Tes kepraktisan perangkat dilakukan melalui pembelajaran biologi pada peserta didik Kelas X IPA MA. Uji keefektifan perangkat melalui eksperimen dengan desain kelompok kontrol non-pretest-posttest. Hasil uji coba menunjukkan bahwa skor persentase rata-rata validitas perangkat pembelajaran dari ketiga validator adalah 88,62% dengan kriteria sangat valid. Hasil uji kepraktisan perangkat pembelajaran yang diperoleh dari tanggapan peserta didik dan pendidik adalah rata-rata 90,73% dengan kriteria sangat praktis. Hasil uji coba keterlaksanaan pembelajaran ÃÂ diperoleh skor rata-rata 89,59% dengan kriteria sangat praktis. Hasil tes penguasaan konsep biologi di kelas eksperimen diperoleh skor rata-rata 70,58% dengan kriteria tinggi, dan di kelas kontrol nilai rata-rata 34,09% dengan kriteria sedang. Berdasarkan hasil uji validitas, uji kepraktisan, dan uji efektivitas, perangkat pembelajaran biologi terintegrasi berdasarkan nilai-nilai Islam yang dihasilkan melalui penelitian dapat dinyatakan valid, praktis dan efektif untuk meningkatkan penguasaan konsep biologi peserta didik di MA.