Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui kesulitan belajar siswa dan faktor-faktor penyebab kesulitan dalam pembelajaran tentang bakteri pada kelas X SMA Muhammadiyah Mataram. Populasi dalam penelitian ini adalah seluruh siswa kelas X SMA Muhammadiyah Mataram. Tehnik pengambilan sampel purposive sampling. Instrumen penelitian ini menggunakan tes objektif dan kuesioner. Hasil analisis kesulitan belajar memperoleh 1 siswa pada kategori sangat sulit, 4 siswa pada kategori sulit, 7 siswa pada kategori cukup sulit, 1 siswa kategori kurang sulit, dan 1 siswa pada kategori tidak sulit dengan rata-rata pada kategori cukup sulit. Hasil analisis faktor penyebab kesulitan belajar siswa diperoleh faktor internal pada kategori tidak sulit sedangkan faktor ekternal ÃÂ pada kategori kurang sulit. Hasil analisis kategori dengan indikator penyebab kesulitan belajar pada faktor internal diperoleh motivasi belajar tidak sulit, minat belajar kurang sulit dan perhatian belajar sulit. Faktor eksternal diperoleh sumber belajar tidak sulit, metode/strategi mengajar guru kurang sulit dan kondisi belajar kurang sulit. Oleh karena itu, faktor penyebab kesulitan belajar siswa dalam pembelajaran tentang bakteri disebabkan oleh kondisi belajar siswa, sehingga dapat disimpulkan bahwa kesulitan belajar siswa dalam pembelajaran tentang bakteri di kelas X SMA Muhammadiyah Mataram dikategorikan cukup sulit sedangkan faktor penyebab kesulitan belajar didominasi oleh faktor eksternal yang meliputi kondisi belajar.