Article Per Year (5 Year)
p-Index From 2021 - 2026
0
P-Index
This Author published in this journals
All Journal Menara Perkebunan
D. SANTOSO SANTOSO
Unknown Affiliation
Agriculture, Biological Sciences & Forestry

Published : 4 Documents Claim Missing Document
Claim Missing Document
Check
Articles

Found 4 Documents
Search

 1 
Identification of p5cs gene on sugarcane by PCR using heterologous primer Identifikasi gen p5cs tebu dengan PCR menggunakan penanda heterologous H. MINARSIH MINARSIH; D. SANTOSO SANTOSO; N. FITRANTY FITRANTY
E-Journal Menara Perkebunan Vol 69, No 1: Juni 2001
Publisher : INDONESIAN RESEARCH INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY AND BIOINDUSTRY

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (233.558 KB) | DOI: 10.22302/iribb.jur.mp.v69i1.176

Abstract

SummaryAn attempt toward increasing the sugarproduction by using marginal land requiressugarcane (Saccharum officinarum L.) cultivarswhich tolerant to drought or osmotic stress.Development of such plant through modernbiotechnology needs a gene carrying droughttolerance and the pertinent molecular information.When the gene is indigenous property, theplanting materials developed will be morevaluable. This report describes research resultfrom identification the presence of p5cs(pyrroline-5-carboxylate synthetase) gene insugarcane and limited molecular characteristicsrelated to an attempt to develop sugarcanetolerant to water stress. Identification of the genein sugarcane was conducted by PCR usingspecific primers. The homology to other specieswas qualitatively predicted with hybridizationusing heterologous probe of Vigna aconitifolia.Proline contents were examined on the stress-treated and untreated plants as well, to estimateproline accumulated by the induction. Theamplified DNA fragment demonstrated that thesugarcane possesses p5cs with at least two highlyconserved regions as the others reported. Thesame sizes of amplified DNA fragment suggestedthat the position of the conserved regions in thetested and reported species is very similar. Noamplification using primers of non-conservedregions indicates that the p5cs gene of sugarcanewas not fully homologous to the gene of theothers. Higher content of proline in the stress-treated plants implies that the p5cs gene wasinducible.RingkasanUsaha peningkatan produktivitas guladengan pemanfaatan lahan kering, memerlukantersedianya bibit tanaman tebu (Saccharumofficinarum L.) unggul yang toleran terhadapcekaman kekeringan. Perakitan tanaman tersebutmelalui bioteknologi modern memerlukanketersediaan gen pembawa sifat ketahanankekeringan yang sesuai dan informasimolekulernya. Penelitian ini bertujuan untukmengidentifikasi adanya gen p5cs (pyrroline-5-carboxylate synthetase) pada tanaman tebu dankarakteristik molekulernya secara terbatas dalamperspektif usaha perakitan tanaman tebu tahankekeringan. Identifikasi gen pembawa sifatketahanan tersebut pada tanaman tebu dilakukandengan teknik PCR menggunakan primer spesifik.Tingkat homologinya terhadap gen dari spesieslainnya, secara kualitatif diprediksi dengan teknikhibridisasi menggunakan pelacak heterologusyang berasal dari gen p5cs tanaman V.aconitifolia. Kandungan prolin tanaman yangmendapat perlakuan cekaman kekeringan secarain vitro, ditetapkan untuk melihat seberapa tinggiakumulasi prolin dapat terjadi oleh induksiekspresi gen endogenous. Adanya fragmen DNAhasil amplifikasi dengan primer spesifik p5CS,membuktikan bahwa pada tanaman tebu terdapatgen p5cs yang pada daerah terkonservasimemiliki tingkat homologi yang tinggi.Diperolehnya ukuran yang sama dengan controlplasmid pBI-p5cs membuktikan bahwasebagaimana spesies tanaman lainnya, posisidaerah tersebut pada tebu adalah tertentu dansama. Tidak terjadinya amplifikasi dengan primerdari daerah di luar daerah terkonservasi,menunjukkan bahwa gen p5cs tebu tidaksepenuhnya homologous dengan yang berasaldari tanaman V. aconitifolia. Terjadinyapeningkatan akumulasi prolin pada perlakuancekaman kekeringan mengindikasikan bahwa genp5cs tersebut juga dapat diinduksi (inducible)oleh stress air.
Pengembangan pelacak DNA spesifik gen melalui bioinformatika: Indentifikasi gen penyandi protein biji 21 kDa pada kakao UAH Indonesia The development of gene-specific probe by bioinformatica: Identification of 21 kDa-encoding seed protein gene on Indonesian UAH cacao D. SANTOSO SANTOSO
E-Journal Menara Perkebunan Vol 69, No 1: Juni 2001
Publisher : INDONESIAN RESEARCH INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY AND BIOINDUSTRY

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (317.409 KB) | DOI: 10.22302/iribb.jur.mp.v69i1.174

Abstract

SummaryA proper gene-specific probe is inevitablefor the process of gene discovery. In additionsuch probe can be utilized to study the expressionof corresponding gene. Probe, which is specificto gene of interest maybe developed usinginternet-accessible database coupled withmolecular techniques. This research aimed todevelop a probe, specific to 21 kDa-encodingseed protein gene and try it on cacao genomes.Two pairs of DNA primers were made based onthe conserved regions. Examined on the cacaogenomes with PCR technique demonstrated thatboth the specific and nested primer pairs wereable to amplify the targeted gene fragments withpredicted sizes, about 465 and 160 bp. RT-PCRwith total RNA from cacao seeds suggested thatthe specific primer can be utilized to determinethe expression level of the gene in the organ.Furthermore, Southern blotting analysis withgenomic DNA from five different cacao clones inIndonesia indicated that the probe wassignificantly specific to the gene. These concludethat a probe specific to the 21 kDa-encoding genewas developed and tested effective to identify thepresence and determine the expression of thegene.RingkasanProses penemuan gen memerlukan adanyapelacak spesifik gen tersebut. Selain itu, pelacakspesifik juga dapat digunakan dalam mempelajariekspresi suatu gen yang sesuai. Pelacak spesifikgen dapat dikembangkan dengan memanfaatkankemajuan bioinformatika teknik-teknik biologimolekuler. Penelitian ini bertujuan untukmerintis pengembangan pelacak spesifik gen danmengujinya pada genom kakao. Adapuntargetnya adalah gen penyandi protein 21 kDayang diekspresikan di biji kakao namun bukanmerupakan protein penyimpanan (storageprotein). Dua pasang primer DNA dihasilkan dariperancangan menggunakan dasar daerahterkonservasi. Pengujian di tingkat genom kakaodengan teknik PCR membuktikan bahwa keduapasangan primer tersebut dapat mengamplifikasisecara spesifik gen penyandi protein target. BaikPCR dengan pasangan primer spesifik genmaupun nested, terhadap dua klon kakao, masing-masing menghasilkan dua amplikon yangukurannya sesuai dengan ukuran prediksi, yaitusekitar 465 dan 160 pb-an. Pengujian dengan RT-PCR menunjukkan bahwa pelacak tersebut dapatdigunakan untuk menentukan ekspresi gentersebut dibiji kakao. Lebih dari itu, Southernblotting terhadap genom dari lima klon kakaoyang berbeda menegaskan bahwa pelacak gentersebut memiliki spesifisitas yang tinggi. Dengandemikian pelacak spesifik gen penyandi proteinbiji 21 kDa dapat dikembangkan dan terbuktiefektif untuk beberapa klon kakao di Indonesia.
Pengembangan pelacak DNA spesifik gen melalui bioinformatika: Indentifikasi gen penyandi protein biji 21 kDa pada kakao UAH Indonesia The development of gene-specific probe by bioinformatica: Identification of 21 kDa-encoding seed protein gene on Indonesian UAH cacao D. SANTOSO SANTOSO
Menara Perkebunan Vol. 69 No. 1: 69 (1), 2001
Publisher : INDONESIAN OIL PALM RESEARCH INSTITUTE

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iribb.jur.mp.v69i1.174

Abstract

SummaryA proper gene-specific probe is inevitablefor the process of gene discovery. In additionsuch probe can be utilized to study the expressionof corresponding gene. Probe, which is specificto gene of interest maybe developed usinginternet-accessible database coupled withmolecular techniques. This research aimed todevelop a probe, specific to 21 kDa-encodingseed protein gene and try it on cacao genomes.Two pairs of DNA primers were made based onthe conserved regions. Examined on the cacaogenomes with PCR technique demonstrated thatboth the specific and nested primer pairs wereable to amplify the targeted gene fragments withpredicted sizes, about 465 and 160 bp. RT-PCRwith total RNA from cacao seeds suggested thatthe specific primer can be utilized to determinethe expression level of the gene in the organ.Furthermore, Southern blotting analysis withgenomic DNA from five different cacao clones inIndonesia indicated that the probe wassignificantly specific to the gene. These concludethat a probe specific to the 21 kDa-encoding genewas developed and tested effective to identify thepresence and determine the expression of thegene.RingkasanProses penemuan gen memerlukan adanyapelacak spesifik gen tersebut. Selain itu, pelacakspesifik juga dapat digunakan dalam mempelajariekspresi suatu gen yang sesuai. Pelacak spesifikgen dapat dikembangkan dengan memanfaatkankemajuan bioinformatika teknik-teknik biologimolekuler. Penelitian ini bertujuan untukmerintis pengembangan pelacak spesifik gen danmengujinya pada genom kakao. Adapuntargetnya adalah gen penyandi protein 21 kDayang diekspresikan di biji kakao namun bukanmerupakan protein penyimpanan (storageprotein). Dua pasang primer DNA dihasilkan dariperancangan menggunakan dasar daerahterkonservasi. Pengujian di tingkat genom kakaodengan teknik PCR membuktikan bahwa keduapasangan primer tersebut dapat mengamplifikasisecara spesifik gen penyandi protein target. BaikPCR dengan pasangan primer spesifik genmaupun nested, terhadap dua klon kakao, masing-masing menghasilkan dua amplikon yangukurannya sesuai dengan ukuran prediksi, yaitusekitar 465 dan 160 pb-an. Pengujian dengan RT-PCR menunjukkan bahwa pelacak tersebut dapatdigunakan untuk menentukan ekspresi gentersebut dibiji kakao. Lebih dari itu, Southernblotting terhadap genom dari lima klon kakaoyang berbeda menegaskan bahwa pelacak gentersebut memiliki spesifisitas yang tinggi. Dengandemikian pelacak spesifik gen penyandi proteinbiji 21 kDa dapat dikembangkan dan terbuktiefektif untuk beberapa klon kakao di Indonesia.
Identification of p5cs gene on sugarcane by PCR using heterologous primer Identifikasi gen p5cs tebu dengan PCR menggunakan penanda heterologous H. MINARSIH MINARSIH; D. SANTOSO SANTOSO; N. FITRANTY FITRANTY
Menara Perkebunan Vol. 69 No. 1: 69 (1), 2001
Publisher : INDONESIAN OIL PALM RESEARCH INSTITUTE

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iribb.jur.mp.v69i1.176

Abstract

SummaryAn attempt toward increasing the sugarproduction by using marginal land requiressugarcane (Saccharum officinarum L.) cultivarswhich tolerant to drought or osmotic stress.Development of such plant through modernbiotechnology needs a gene carrying droughttolerance and the pertinent molecular information.When the gene is indigenous property, theplanting materials developed will be morevaluable. This report describes research resultfrom identification the presence of p5cs(pyrroline-5-carboxylate synthetase) gene insugarcane and limited molecular characteristicsrelated to an attempt to develop sugarcanetolerant to water stress. Identification of the genein sugarcane was conducted by PCR usingspecific primers. The homology to other specieswas qualitatively predicted with hybridizationusing heterologous probe of Vigna aconitifolia.Proline contents were examined on the stress-treated and untreated plants as well, to estimateproline accumulated by the induction. Theamplified DNA fragment demonstrated that thesugarcane possesses p5cs with at least two highlyconserved regions as the others reported. Thesame sizes of amplified DNA fragment suggestedthat the position of the conserved regions in thetested and reported species is very similar. Noamplification using primers of non-conservedregions indicates that the p5cs gene of sugarcanewas not fully homologous to the gene of theothers. Higher content of proline in the stress-treated plants implies that the p5cs gene wasinducible.RingkasanUsaha peningkatan produktivitas guladengan pemanfaatan lahan kering, memerlukantersedianya bibit tanaman tebu (Saccharumofficinarum L.) unggul yang toleran terhadapcekaman kekeringan. Perakitan tanaman tersebutmelalui bioteknologi modern memerlukanketersediaan gen pembawa sifat ketahanankekeringan yang sesuai dan informasimolekulernya. Penelitian ini bertujuan untukmengidentifikasi adanya gen p5cs (pyrroline-5-carboxylate synthetase) pada tanaman tebu dankarakteristik molekulernya secara terbatas dalamperspektif usaha perakitan tanaman tebu tahankekeringan. Identifikasi gen pembawa sifatketahanan tersebut pada tanaman tebu dilakukandengan teknik PCR menggunakan primer spesifik.Tingkat homologinya terhadap gen dari spesieslainnya, secara kualitatif diprediksi dengan teknikhibridisasi menggunakan pelacak heterologusyang berasal dari gen p5cs tanaman V.aconitifolia. Kandungan prolin tanaman yangmendapat perlakuan cekaman kekeringan secarain vitro, ditetapkan untuk melihat seberapa tinggiakumulasi prolin dapat terjadi oleh induksiekspresi gen endogenous. Adanya fragmen DNAhasil amplifikasi dengan primer spesifik p5CS,membuktikan bahwa pada tanaman tebu terdapatgen p5cs yang pada daerah terkonservasimemiliki tingkat homologi yang tinggi.Diperolehnya ukuran yang sama dengan controlplasmid pBI-p5cs membuktikan bahwasebagaimana spesies tanaman lainnya, posisidaerah tersebut pada tebu adalah tertentu dansama. Tidak terjadinya amplifikasi dengan primerdari daerah di luar daerah terkonservasi,menunjukkan bahwa gen p5cs tebu tidaksepenuhnya homologous dengan yang berasaldari tanaman V. aconitifolia. Terjadinyapeningkatan akumulasi prolin pada perlakuancekaman kekeringan mengindikasikan bahwa genp5cs tersebut juga dapat diinduksi (inducible)oleh stress air.
Co-Authors H. MINARSIH MINARSIH N. FITRANTY FITRANTY