Anna Rejeki Simbolon
Research Center for Oceanography, Indonesian Institute of Science

Published : 2 Documents Claim Missing Document
Claim Missing Document
Check
Articles

Found 2 Documents
Search

IDENTIFIKASI SPESIES MENGGUNAKAN DNA BARCODING DALAM MENUNJANG BUDIDAYA DAN KONSERVASI TERIPANG DI PERAIRAN LAMPUNG Anna Rejeki Simbolon; Masteria Yunovilsa Putra; Ismiliana Wirawati
Jurnal Riset Akuakultur Vol 16, No 1 (2021): (Maret, 2021)
Publisher : Pusat Riset Perikanan, Badan Riset dan Sumber Daya Manusia Kelautan dan Perikanan

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (126.738 KB) | DOI: 10.15578/jra.16.1.2021.31-37

Abstract

Teripang merupakan komoditas perikanan yang saat ini dibudidayakan dan dieksploitasi di perairan Lampung. Namun terdapat kesulitan dalam mengidentifikasi teripang karena kemiripan morfologis di antara spesies yang ada. Identifikasi yang baik berguna agar proses pembudidayaan dan konservasi dapat tepat sasaran. Penggunaan DNA barcoding dapat digunakan untuk mengidentifikasi jenis-jenis teripang yang ada, jarak genetik, dan keragaman genetik intra/inter spesies. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi teripang di perairan Lampung dengan menggunakan sekuen DNA gen COI. Teripang diambil dengan menggunakan metode jelajah pada saat surut dan dengan scuba diving. Pengamatan DNA menggunakan primer universal ceF, pengeditan dan diurutkan dengan program Geneious ver 9 dan program BLAST. Konstruksi pohon filogenetik dilakukan dengan metode neighbor joining (NJ) pada model Kimura-2. Penelitian ini menunjukkan spesies teripang yang teridentifikasi adalah Holothuria leucospilota, H. atra, Stichopus vastus, dan S. horrens dengan jarak kesamaan 99%-100%. S. vastus dan S. horrens memiliki jarak genetik terendah dengan pengurangan yang tinggi. Rekonstruksi filogenetik memperlihatkan pengelompokkan spesies-spesies ke dalam genus Holothuria dan Stichopus. Stichopus sp. memiliki kesamaan morfologi yang tinggi sehingga kesalahan identifikasi sering terjadi. DNA barcoding dapat mengidentifikasi teripang secara cepat dan akurat sehingga pengelolaan teripang baik secara budidaya maupun pengambilan langsung di alam dapat berkelanjutan. Identifikasi spesies yang tepat menjadi kunci utama dalam upaya pembudidayaan dan konservasi teripang yang tepat sasaran dan berkelanjutan.Sea cucumbers is a highly valued fishery commodity that is currently cultivated and exploited in Lampung waters. However, differentiating a sea cucumber species from another is sometimes difficult due the morphological similarities between the species. Developing an accurate identification method is then critical to ensure successfull farming activities and conservation efforts of sea cucumbers. DNA barcoding could be used to accurately identify sea cucumber species, genetic distance, and genetic diversity between species. This study aimed to identify sea cucumbers existed in Lampung waters using DNA barcoding of the COI gene with ceF and ceR universal primers. Sea cucumbers are taken using the cruising method at low tide and by scuba diving. The DNA sequence was then edited and aligmented using the Geneious ver.9 program and analyzed using the BLAST program. Phylogenetic tree construction was carried out using the neighbor joining (NJ) method on the Kimura-2 model. This study showed that the identified species of sea cucumbers were Holothuria leucospilota, H. atra, Stichopus vastus, and S. horrens with a similarity distance of 99%-100%. S. vastus and S. horrens have the lowest genetic range. Phylogenetic reconstruction shows the classification of species into the genus Holothuria and Stichopus. Stichopus sp. have high morphological similarities within the same genus which often lead to species misidentification. DNA barcoding can identify sea cucumbers quickly and accurately. This method allows the identification of the right sea cucumber species which is the main key in the effort to cultivate and conserve targeted and sustainable sea cucumbers.
PENGGUNAAN DNA BARCODING DALAM MENGIDENTIFIKASI LARVA GASTROPODA (FAMILY CYMATIIDAE) DI PERAIRAN KEPULAUAN SANGIHE- TALAUD, SULAWESI UTARA Anna Rejeki Simbolon; Medy Ompi; Ernawati Widyastuti; Diah Anggraini Wulandari
BAWAL Widya Riset Perikanan Tangkap Vol 13, No 3 (2021): (DESEMBER) 2021
Publisher : Pusat Riset Perikanan, BRSDM KP.

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.15578/bawal.13.3.2021.%p

Abstract

Perairan Kepulauan Sangihe-Talaud merupakan wilayah pemijahan hewan laut, sehingga berbagai jenis larva hewan laut dapat ditemukan di wilayah ini. Identifikasi larva gastropoda secara morfologi sangat sulit dilakukan karena tingginya kesamaan morfologi antar spesies pada fase larva. DNA Barcoding dapat digunakan untuk mengidentifikasi larva berbagai hewan laut. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi larva gastropoda dari Family Cymatiidae di Perairan Kepulauan Sangihe-Talaud. Sampel larva diambil dengan menggunakan alat Issaac Kid Midwater Tramp (IKMT) di kedalaman 1000 m di bawah permukaan laut pada siang dan malam hari. Barcoding DNA menggunakan primer universal LCO 1490 dan HCO 2198, pengeditan dan alignment sekuen DNA dalam Geneious ver. 9 dan identifikasi menggunakan BLAST di GenBank NCBI. Pohon filogenetik dikonstruksi menggunakan metode neighbor joining (NJ) dan model Kimura-2i dalam MEGA X. Sebanyak 39 spesimen larva Cymatiidae terdiri atas 6 genus yaitu Reticutriton, Monoplex, Turritriton, Cymatium, Gutturnium, dan Ranularia; lima spesies teridentifikasi: Reticutriton pfeifferianus, Monoplex aquatilus, Monoplex comptus, Cymatium cingulatum dan Gutturnium muricinum, dengan tingkat kesamaan 97,32-100%. Berdasarkan pohon filogenetik sebagian sekuen individu termasuk kelompok monofiletik sedangkan genus Monoplex bersifat polifiletik dan mengelompok dalam genus yang berbeda dengan nilai boostrap yang cukup tinggi. Jarak genetik antar spesies berkisar 0,0761-0,1737 dengan jarak genetik antar spesies terendah pada Monoplex comptus dan Reticutricon pfeifferianus. Penelitian ini menyimpulkan DNA barcoding dapat digunakan dalam mengidentifikasi larva Gastropoda khususnya family Cymatiidae. Identifikasi jenis hewan laut secara dini menjadi salah satu kunci penting dalam pengelolaan lestari jenis hewan laut. Identifikasi larva yang tepat akan berguna dalam pengelolaan konservasi suatu wilayah perairan.The seas around the Sangihe-Talaud Islands are a spawning ground for marine animals, so many marine animals' larva can be found in this area. Morphological identification of gastropod larvae is complicated because of the high morphological similarities between species in the larval stage. DNA Barcoding can be used to identify the larvae of various marine animals. This study aims to identify gastropod larvae, especially the family Cymatiidae, in the waters around the Sangihe-Talaud Islands. Larvae samples were collected using an Isaac Kid Midwater Tramp (IKMT) at a depth of 1000m below sea level day and night. DNA barcoding used the universal primers LCO 1490 and HCO 2198. DNA sequences were edited and aligned in Geneious ver nine and identified using the NCBI GenBank BLAST routine. A phylogenetic tree was constructed using the neighbor-joining (NJ) method with the Kimura-2 model. 39 Cymatiidae larvae were identified as belonging to 6 genera: Reticutriton, Monoplex, Turritriton, Cymatium, Gutturnium, and Ranularia; five species were identified: Reticutriton pfeifferianus, Monoplex aquariums, Monoplex computers, Cymatium cingulated and Gutturnium muricinum, with a similarity 97.32-100%. Based on the phylogenetic tree, some of the individual sequences belong to monophyletic groups, while the Monoplex genus is polyphyletic and grouped into several genera with relatively high bootstrap values. The genetic distance between species ranged from 0.0761-to 0.1737 with the lowest inter-species genetic distance between Monoplex computers and Reticutricon pfeifferianus. This study concludes that DNA barcoding can be used to identify gastropod larvae, in particular the family Cymatiidae. Early identification of marine animal species is an important key to the sustainable management of marine animals. Identification of gastropod larvae can support the conservation management of marine waters.