Penyelenggaaraan pendidikan di Indonesia merupakan kewajiban pemerintah Indonesia, dan salah satu lembaga pemerintah yang menyelenggarakan pendidikan adalah Kementerian Agama. Penyelenggaraan pendidikan madrasah berdasarkan Peraturan Menteri Agama Nomor 66 Tahun 2016 Tentang Perubahan Kedua Atas Peraturan Menteri Agama Nomor 90 Tahun 2013 diselenggarakan oleh pemerintah dan masyarakat. Penyelenggaraan pendidikan yang diselenggarakan oleh masyarakat dilaksanakan oleh organisasi berbadan hukum dalam bentuk yayasan. Berdasarkan fenomena yang ada, kualitas madrasah swasta tertinggal dari madrasah negeri karena kurangnya kemampuan yayasan dan kepala madrasah dalam mengelola lembaga pendidikan. Kualitas madrasah dapat dinilai dari akreditasi yang merupakan sebuah penilaian kelayakan program dalam satuan pendidikan berdasarkan kriteria yang telah ditetapkan. Dengan minimnya kemampuan madrasah dalam penyelenggaraan pendidikan, Madrasah Aliyah Swasta Perguruan Islam Ar-Risalah menjadi satu-satunya madrasah swasta di Kota Padang yang mendapatkan akreditasi A. Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah deskriptif kualitatif, teknik pengumpulan data menggunakan wawancara, observasi dan dokumentasi. Untuk menguji keabsahan data yang ditemukan di lapangan dengan teknik triangulasi sumber. Peneliti menggunakan teori manajemen pendidikan oleh Ara Hidayat dan Imam Machli, yaitu perencanaan, pengorganisasian, pengarahan, dan pengawasan. Berdasarkan hasil penelitian dapat disimpulkan bahwa pengelolaan Madrasah Aliyah Swasta Perguruan Islam Ar-Risalah berjalan dengan baik. Hal ini dapat dilihat dari penerapan fungsi manajemen pendidikan dalam keseluruhan proses pengelolaan pendidikan madrasah. Dalam proses pengelolaan pendidikan di madrasah, kepala madrasah memiliki peran penting dalam pengambilan keputusan di madrasah. Akan tetapi sebagai sebuah lembaga pendidikan yang dinaungi oleh yayasan, madrasah tidak dapat mengambil keputusan yang terkait dengan pengadaan sumber daya dan fasilitas karena itu adalah keputusan yayasan yang berada di wilayah strategis. Sehingga dalam proses pengelolaan pendidikan, kepala madrasah membutuhkan persetujuan dari pimpinan yayasan yang mengakibatkan panjangnya proses birokrasi dari madrasah ke yayasan.