Global pandemik Covid-19 yang juga melanda Indonesia turut pula berdampak luas dalam kegiatan pendidikan dan akademik mahasiswa termasuk di bidang pendidikan biologi dimana pembelajaran dan praktikum secara tatap muka menjadi sangat dibatasi. Dalam upaya memenuhi Capaian Pembelajaran Mata Kuliah (CPMK), maka perlu ada berbagai inovasi pembelajaran termasuk dengan melakukan modifikasi pada model pembelajaran. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui penerapan model pembelajaran blended learning yaitu model pembelajaran yang menggabungkan unsur tatap muka dan pembelajaran secara daring (online learning), terhadap keterampilan berpikir analitik pada mahasiswa. Penelitian ini dilakukan dengan menggunakan metode studi kasus pada mahasiswa yang mengikuti mata kuliah Belajar dan Pembelajaran pada Program Studi Pendidikan Biologi, FKIP, Universitas Palangka Raya dengan membandingkan penggunaan daring Aplikasi Zoom dan Aplikasi Google Class Room. Hasil penelitian menunjukkan bahwa kemampuan identifikasi mahasiswa merinci elemen-elemen dari suatu masalah; relasi utama antara elemen-elemen dalam suatu unsur; serta kemampuan mengenal suatu elemen dalam relasi dari struktur kompleks terhadap objek belajar adalah lebih terampil dengan menggunakan daring Aplikasi Zoom dibandingkan dengan menggunakan daring Aplikasi Google Class Room. Hasil respon mahasiswa menunjukkan bahwa adanya jaringan internet yang lemah menjadi kendala utama dalam pelaksanaan proses pembelajaran dengan sebanyak 52% responden menyatakan cukup puas dengan penerapan blended learning.