Sistem basis data sudah menjadi bagian penting dalam pengelolaan suatu institusi berbasis digital. Saat ini semakin banyak pilihan dalam menggunakan jenis sistem basis data yang dapat disesuaikan dengan kebutuhan penggunanya. Banyak faktor yang bisa digunakan sebagai dasar pemilihan suatu sistem basis data. Kecepatan akses seperti untuk merespon kueri yang dikirimkan ke server adalah salah satunya. Pada penelitian ini dilakukan analisa perbandingan kecepatan pada sistem basis data MySQL dan MongoDB untuk perintah SELECT, UPDATE dan DELETE pada data dengan jumlah data maksimum 1.000.000 baris. Aplikasi yang digunakan untuk melakukan perintah kueri adalah MySQL Workbench 8.0.22 dan Robo 3T 1.4.2 yang dilakukan pada sistem operasi Windows 10 dan Ubuntu Desktop 20.04. Hasil dari penelitian ini didapatkan bahwa semua proses kueri data di atas 50.000 baris dengan menggunakan MongoDB lebih cepat dibandingkan pada MySQL. Sistem operasi Ubuntu Desktop 20.04 menghasilkan kecepatan lebih baik dibandingkan dengan menggunakan Windows 10 baik untuk sistem basis data MySQL atau MongoDB.