Kelimpahan klorofil-a dapat digunakan sebagai indikator kesuburan perairan dan kejadian biakan massal fitoplankton atau Harmfull Algal Blooms (HAB) di suatu perairan. Kemajuan teknologi satelit telah mampu menampilkan data digital yang memainkan peran penting dalam memberikan hasil pola sebaran horizontal klorofil-a di perairan laut secara cepat dan akurat. Tujuan penelitian ini adalah untuk pemantauan distribusi konsentrasi klorofil-a dengan teknologi penginderaan jauh menggunakan satelit Terra-Aqua MODIS. Pemantauan konsentrasi klorofil-a di perairan Teluk Jakarta dilakukan dalam periode April sampai September 2010. Analisis citra untuk memetakan sebaran konsentrasi klorofil-a dilakukan dengan algoritma menggunakan software ENVI dan ArcGIS. Dengan analisis citra di laboratorium, dihasilkan peta-peta sebaran konsentrasi klorofil-a di perairan Teluk jakarta. Pada peta spasial dan temporal sebaran konsentrasi klorofil-a ditunjukkan nilai konsentrasi klorofil-a tinggi (>10 mg/m3)di selatan perairan Teluk Jakarta, dengan luas sebarannya mencapai sepertiga dari luas teluk terjadi pada 22 Mei – 22 September 2010. Hal ini mengindikasikan bahwa di perairan telah terjadi peningkatan kelimpahan fitoplankton dan sebagian menunjukkan ada dugaan terjadi Harmful Algal Blooms (HAB), sehingga mengakibatkan kematian ikan yang terdapat di pantai Ancol Teluk Jakarta.