Kualitas perairan merupakan salah satu faktor yang berpengaruh terhadap pertumbuhan dan perkembangan makroalga. Penelitian ini bertujuan untuk mengkaji tentang jenis makroalga, kepadatan makroalga dan pengaruh kualitas perairan terhadap kepadatan makroalga di perairan Kei Kecil, Kabupaten Maluku Tenggara. Perairan Kei Kecil memiliki 53 spesies makroalga dengan nilai kepadatan tertinggi di Desa Tanimbar, selanjutnya Ur Pulau dan Uf yang masing-masing sebesar sebesar Kei 363 ind/m2, 308 ind/m2 dan 298 ind/m2. Hubungan antara parameter fisika-kimia dengan kepadatan makroalga dianalisis menggunakan regresi linier berganda. Parameter fisika-kimia memberikan karakteristik yang berbeda antara kedua lokasi penelitian (kecamatan Kei Kecil Barat dan Kei Kecil Timur Selatan). Adapun kepadatan makroalga di kecamatan Kei Kecil Barat dapat diramalkan menggunakan persamaan (R = 98,6%) : Kepadatan = -17.185,5 + 402,5 suhu + 161,7 salinitas + 3.087,4 pH + 8,2 DO + 149,9 kecerahan + 5,4 kecepatan arus. Sedangkan kepadatan makroalga di kecamatan Kei Kecil Timur Selatan dapat diramalkan menggunakan persamaan (R = 76,7 %) : Kepadatan = 4.794,8 – 189,4 suhu + 22 salinitas – 71,5 pH + 331,3 DO -279,9 kecerahan = 112,4 kecepatan arus. Parameter lingkungan yang mempengaruhi kepadatan makroalga yaitu suhu, salinitas, pH dan kecerahan di Kecamatan Kei Kecil Barat sedangkan salinitas, DO dan kecepatan arus di Kecamatan Kei Kecil Timur Selatan.