Perairan estuaria Bengkalis memiliki peranan yang sangat strategis di tepi alur pelayaran internasional yang paling sibukdi dunia, yaitu Selat Malaka. Perairan ini merupakan daerah pertemuan antara massa air laut dari Selat Malaka dan massaair tawar dari muara Sungai Siak yang sangat khas dan menarik untuk dikaji. Penelitian mengenai karakteristik oseanografifisika perairan ini dilakukan dalam periode 7 bulan selama tahun 2015. Metode yang digunakan adalah survei secara insitumenggunakan wahana kapal survei pada 16 stasiun pengukuran. Hasil yang diperoleh menunjukkan bahwa perairanestuaria Bengkalis merupakan perairan dangkal dengan kedalaman berkisar antara 6,1-37,3 m. Jenis-jenis substrat dasarperairan beragam, yaitu kombinasi komponen pasir (2,7-86,69%), debu (10,64-89,82%) dan liat (2,66-13,30%). Pergerakanarus didominasi oleh arus pasut (arus pasang-surut) dengan kecepatan arus permukaan rata-rata berkisar 0,07-1,19 m/detik.Perairan ini tergolong keruh, dengan kisaran tingkat kecerahan rata-rata antara 0,42-0,95 m. Tingkat kecerahan cenderungmenurun pada akhir tahun seiring masuknya musim penghujan. Rata-rata suhu perairan pada lapisan permukaan berkisarantara 29,74-30,94 °C dan di lapisan dasar berkisar antara 29,36-30,63 °C, dengan pola lebih dingin ke arah laut terbuka (Selat Malaka) dan lebih hangat ke arah muara Sungai Siak.