Kabupaten Merauke menjadi daerah yang terkena dampak dari virus Corona sehinggah segala kegiatan pelayanan, baik pemerintahan maupun swasta diberlakukan skala-skla tertentu. Pengendalian dari kejadian luar biasa ini diterapkan di Dinas Perikanan Merauke dengan melaksanakan kegiatan kerja tetapi tetap memperhatikan protokol kesehatan yang sudah dianjurkan pemerintah. Pengendalian sangat penting dilakukan di dinas perikanan Merauke sebagai salah satu SKPD yang memiliki tugas dan fungsi, memberikanan pelayanan secara maksimal yang memang diharuskan berhadapan langsung dengan masyarakat, dalam hal ini masyarakat nelayan. Persoalan yang terjadi memberikan alasan mendasar sehinggah penelitian ini dilaksanakan. Penelitian ini berfokus pada bagaimana proses pengendalian kinerja Pegawai Dinas Perikanan Merauke saat pandemi Covid 19, serta bagaimana capaian hasil kinerja pegawai Dinas Perikanan Merauke di masa pandemic Covid 19. Jenis penelitian yang digunakan oleh peneliti yaitu jenis penelitian Kualitatif dengan tipe penelitian yang dipakai adalah tipe deskriptif. Teknik analisa data yang digunakan ialah data yang didapat di reduksi, penyajian data dan kemudian menarik kesimpulan. Teknik analisis data adalah proses pengumpulan data secara sistematis untuk mempermudah peneliti dalam memperoleh kesimpulan. Ketentuan-ketentuan yang diambil dalam pengambilan suatu keputusan dari kepala daerah sangat berpengaruh terhadap efektivitas suatu pekerjaan yang ada pada Dinas Perikanan Merauke. contoh kongkrit yang langsung berdampak yaitu, Pengurangan Jam Kerja, Diberlakukan WFH (Work From Home, Pengurangan Anggaran, Mengurangi Kenyamanan Pegawai dalam Bekerja.dan Sasaran strategis yang telah di tetapkan Dinas Perikanan Kabupaten Merauke Tahun 2020 dapat dicapai, dengan target dan realisasi tahun 2020 capaian total produksi sebesar 18.695.984 Kg dan luas kawasan Budidaya Air Tawar sebesar 34,60 Ha dengan predikat kerja “Tinggi” yakni sebesar 77,37%. Dengan demikian pelaksanaan program dan kegiatan yang dilaksanakan oleh Dinas Perikanan Kabupaten Merauke yang mengacu pada Anggaran Pendapatan dan Belanja Daerah telah dapat terwujud dengan demikian maka dapat disimpulkan bahwa Kinerja pegawai Dinas Perikanan Kabupaten Merauke dinyatakan Efektif.