Article Per Year (5 Year)
p-Index From 2020 - 2025
0
P-Index
This Author published in this journals
All Journal Indonesian Journal of Agricultural Science Jurnal AgroBiogen Buletin Penelitian Tanaman Rempah dan Obat
Dwinita W. Utami
Balai Besar Bioteknologi dan Sumber Daya Genetik Pertanian
Agriculture, Biological Sciences & Forestry Decision Sciences, Operations Research & Management

Published : 4 Documents Claim Missing Document
Claim Missing Document
Check
Articles

Found 4 Documents
Search

 1 
DEVELOPMENT AND APPLICATION OF 1536-PLEX SINGLE NUCLEOTIDE POLYMORPHISM MARKER CHIP FOR GENOME WIDE SCANNING OF INDONESIAN RICE GERMPLASM Utami, Dwinita W.; Rosdianti, I.; Lestari, P.; Satyawan, D.; Rijzaani, H.; Tasma, I M.
Indonesian Journal of Agricultural Science Vol 14, No 2 (2013): October 2013
Publisher : Indonesian Agency for Agricultural Research and Development - MOA

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

A successful molecular breeding program requires detailed and comprehensive understanding of the diversity of rice germ-plasm and genetic base of target traits. The objective of this research was to develop the high throughput 1536-SNP chip linked to heading date and yield component traits and used it for genotyping the diverse Indonesian rice germplasm. The genotype data obtained could be used for diversity analysis and genome wide association mapping study. A 1536-SNP genome wide assay was developed using the Illumina’s GoldenGate technology. The SNP markers were selected in the rice genome regions containing heading date and yield component genes or regions where the quantitative trait loci (QTLs) of the two traits were mapped. The developed custom SNP chips were then used for genotyping 467 rice accessions showing diversity in heading dates and yield components. The assay can reliably be used for diversity analysis and mapping genes associated with heading date and yield component traits. For 1536-SNP BIO-RiceOPA-1 custom chip designed, a total of 34.832 SNPs distributed in rice genome particularly in the region of heading date and yield component genes or QTLs were identified. A total of 1536-SNP were selected and confirmed to be used for genotyping analysis. Analysis performance and quality of 1536-SNP BIO-RiceOPA1 showed that 60% (918/1536) of total SNP markers had a good differentiating power in scanning the rice accessions tested (MAF > 0.2). The 1536-SNP genome wide assay Illumina’s GoldenGate designed was useful for diversity analysis and could be used as SNP marker for large scale genotyping in rice molecular breeding involving Indica-Indica, Indica-Japonica and Indica-Tropical Japonica crosses.
AvrBs3/PthA Virulence Factor of Bacterial Leaf Blight Race III, Race IV, Race VIII, and IXO93-068 Utami, Dwinita W.; Kadir, Triny S.; Yuriyah, Siti
Jurnal AgroBiogen Vol 7, No 1 (2011): Jurnal AgroBiogen
Publisher : Jurnal AgroBiogen

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Bacterial leaf blight (BLB) is an important disease of rice and present throughout many of the rice-growing regions in the world, also in Indonesia. Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo) is the causal agent and a member of the Protebacteria and like many other this phyllum have a type III secretion system for protein virulence effector (PVE) released on their patho-genicity system. Commonly, PVE in Xanthomonas sp., is coded by AvrBs3/PthA family gene. This research was coducted to identify the virulence factor of AvrBs3/PthA on dominant Indonesian BLB isolates (Race III, Race IV, Ras VIII, and IXO93-068). This objective was obtained by sequence analysis through designed markers for members of the virulence factor AvrBs3/PthA gene family (PthXo4, avrXa7#38, PthXoS and avrXa7sacB50). Results gave infor-mation that RaceIII is a dependent elicitor race due to no PVE transcript formed and intraceluler protein target with RLL type on NLS (nuclear localization signal). RaceIV and RaceVIII are the virulent race which PVE active formed with intraceluler protein target and have the RLL and RLLP type for the NLS signal. While isolate IXO93-068 is a virulen isolate that active formed a PVE but the extraceluler protein target is due to no type of NLS. Based on cluster analysis, Race VIII has a genetic distance closely to PthXoS and avrXa7sacB50.
IDENTIFIKASI MARKA RGA (RESISTANCE GENE ANALOG) UNTUK SIFAT KETAHANAN BUSUK PANGKAL BATANG PADA PLASMA NUTFAH LADA (Piper nigrum) Koerniati, Sri; Utami, Dwinita W.
Buletin Penelitian Tanaman Rempah dan Obat Vol 24, No 2 (2013): Balai Penelitian Tanaman Rempah dan Obat
Publisher : Balittro

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

ABSTRAKMetoda seleksi bahan tanaman lada (Piper nigrum) tahan penyakit busuk pangkal batang (BPB) secara cepat sangat diperlukan oleh pemulia tanaman lada. Motif Nucleotide Binding Site (NBS) P-loop, kinase2, GLPL, MDHV, dan Leucine-rich repeat (LRR) dari gen ketahanan pada Arabidopsis bersifat conserved dan telah digunakan untuk mengidentifikasi Resistance Gene Analog (RGA) pada spesies lain. Tujuan penelitian ini adalah mengidentifikasi marka RGA untuk membedakan tanaman tahan dan tidak tahan terhadap penyakit BPB. Penelitian dilakukan di laboratorium biologi molekuler, BB BIOGEN, Bogor, menggunakan tanaman F1 dan varietas lada (induk) dan 12 primer RGA yang didisain untuk mengamplifikasi motif NBS dan LRR. Hasil penelitian menunjukkan RGA lada dikelompokkan ke dalam grup Toll/Interleukin-1 Receptor homology (TNL). Diindikasikan sifat tahan terhadap BPB timbul ketika fragmen RGA NBS-MDHV diamplifikasi dengan primer RGA8 atau fragmen LRR yang diamplifikasi dengan primer RGA7 berasal dari kedua tetua, berada pada tanaman F1. Fenomena ini ditunjukkan oleh F1 24-2, F1 13-6 dan F1 N2BK-1. F1 24-2, F1 13-6 dan tetua betina varietas LDL memiliki dua fragmen LRR, sedangkan tetua jantan P. hirsutum memiliki pola fragmen LRR dan NBS-MDHV yang berbeda, baik jumlah dan atau posisinya, dibandingkan dengan tiga tersebut. Fenomena ini lebih jelas pada F1 N2BK-1 yang memiliki dua fragmen LRR, tebal dan tidak tebal, indikasi berasal dari kedua tetuanya, Natar2 (memiliki dua fragmen LRR yang tebal) dan Besar Kota Bumi (memiliki dua fragmen LRR yang kurang tebal). Primer RGA7 dan RGA8 bisa dijadikan kandidat marka genetik RGA untuk membedakan lada tahan dan tidak tahan terhadap penyakit BPB, dan hasil ini perlu dikonfirmasi pada tanaman F2.Kata kunci: Piper nigrum, gen ketahanan, busuk pangkal batang, marka molekuler, RGA
IDENTIFIKASI MARKA RGA (RESISTANCE GENE ANALOG) UNTUK SIFAT KETAHANAN BUSUK PANGKAL BATANG PADA PLASMA NUTFAH LADA (Piper nigrum) Koerniati, Sri; Utami, Dwinita W.
Buletin Penelitian Tanaman Rempah dan Obat Vol 24, No 2 (2013): Balai Penelitian Tanaman Rempah dan Obat
Publisher : Balittro

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

ABSTRAKMetoda seleksi bahan tanaman lada (Piper nigrum) tahan penyakit busuk pangkal batang (BPB) secara cepat sangat diperlukan oleh pemulia tanaman lada. Motif Nucleotide Binding Site (NBS) P-loop, kinase2, GLPL, MDHV, dan Leucine-rich repeat (LRR) dari gen ketahanan pada Arabidopsis bersifat conserved dan telah digunakan untuk mengidentifikasi Resistance Gene Analog (RGA) pada spesies lain. Tujuan penelitian ini adalah mengidentifikasi marka RGA untuk membedakan tanaman tahan dan tidak tahan terhadap penyakit BPB. Penelitian dilakukan di laboratorium biologi molekuler, BB BIOGEN, Bogor, menggunakan tanaman F1 dan varietas lada (induk) dan 12 primer RGA yang didisain untuk mengamplifikasi motif NBS dan LRR. Hasil penelitian menunjukkan RGA lada dikelompokkan ke dalam grup Toll/Interleukin-1 Receptor homology (TNL). Diindikasikan sifat tahan terhadap BPB timbul ketika fragmen RGA NBS-MDHV diamplifikasi dengan primer RGA8 atau fragmen LRR yang diamplifikasi dengan primer RGA7 berasal dari kedua tetua, berada pada tanaman F1. Fenomena ini ditunjukkan oleh F1 24-2, F1 13-6 dan F1 N2BK-1. F1 24-2, F1 13-6 dan tetua betina varietas LDL memiliki dua fragmen LRR, sedangkan tetua jantan P. hirsutum memiliki pola fragmen LRR dan NBS-MDHV yang berbeda, baik jumlah dan atau posisinya, dibandingkan dengan tiga tersebut. Fenomena ini lebih jelas pada F1 N2BK-1 yang memiliki dua fragmen LRR, tebal dan tidak tebal, indikasi berasal dari kedua tetuanya, Natar2 (memiliki dua fragmen LRR yang tebal) dan Besar Kota Bumi (memiliki dua fragmen LRR yang kurang tebal). Primer RGA7 dan RGA8 bisa dijadikan kandidat marka genetik RGA untuk membedakan lada tahan dan tidak tahan terhadap penyakit BPB, dan hasil ini perlu dikonfirmasi pada tanaman F2.Kata kunci: Piper nigrum, gen ketahanan, busuk pangkal batang, marka molekuler, RGA
Co-Authors D. Satyawan H. Rijzaani I M. Tasma I. Rosdianti P. Lestari Siti Yuriyah Sri Koerniati Triny S. Kadir