Perairan Teluk Jakarta telah mengalami degradasi baik itu degradasi sumber daya ikan maupun degradasi lingkungan dan habitat. Degradasi sumber daya ikan ditunjukkan oleh beberapa indikasi, diantaranya kelimpahan dan biomassa ikan rendah, ukuran ikan yang tertangkap semakin kecil, terjadinya kerusakan jaringan beberapa spesies, seperti kerang hijau, rajungan, dan beronang serta keragaman dan jumlah alat tangkap pasif yang semakin banyak. Sementara degradasi lingkungan habitat ditandai oleh kemunculan yang berlebih fitoplankton dari kelompok diatom, rendahnya indeks kelimpahan makrozoobenthos, kualitas air yang menurun dan berkurangnya luasan mangrove yang berubah menjadi kolam dan lahan pertanian di Muara Gembong. Untuk memulihkan ketersediaan sumber daya ikan harus dilakukan pengelolaan perikanan bersamaan dengan pengeloaan lingkungan perairan, seperti penutupan daerah penangkapan atau memindahkan ke wilayah utara yang bukan daerah konservasi yang disertai dengan rehabilitasi habitat.