Pembangunan Gereja Protestan di Kota Kendari dilatarbelakangi oleh adanya misi zending yang ditandai dengan kedatangan salah seorang misionaris Naderlandsch Zending Vereniging (NZV) Belanda pada 16 Desember 1915. Tetapi demikian, telah ada sebelumnya pegawai-pegawai sipil yang berasal dari Maluku, Manado, Sangir, Ambon serta tentara Hindia Belanda yang sudah beragama Protestan yang dilayani oleh Gereja Protestan Indonesia atau Indische Kerk. Pada 1928 dibangunlah gereja pertama di Kota Kendari yang diberi nama Gereja Protestan Indonesia Bagian Barat (GPIB). Gereja Protestan mengalami perkembangan secara signifikan, hal itu dapat dilihat pada periode 1928–1941. Selain pembangunan Gereja pertama, juga didirikan Sekolah Hollandsch-Inlandsche School (HIS)–sekolah Belanda untuk bumiputra–di Kota Kendari. Pada periode 1942–1960, Gereja Protestan di Kota Kendari mengalami penurunan akibat penjajahan Jepang yang melakukan penangkapan kepada para pendeta zending dan guru jemaat. Pada Periode 1960–1990, Gereja Protestan mulai mengalami perkembangan dengan masuknya transmigran dari pulau Jawa dan imigran dari berbagai daerah sebagai Pegawai Negeri Sipil yang ditempatkan di Kota Kendari, sehingga penganut agama Protestan bertambah jumlahnya. Dengan demikian, jumlah Gereja Protestan di Kota Kendari mengalami perkembangan hingga mencapai 13 Gereja. Perkembangan Gereja Protestan di Kota Kendari memberikan pengaruh yang cukup besar bagi warga jemaatnya, yaitu adanya pelayanan zending yang memberikan perubahan di bidang pendidikan, kesosialan, kebudayaan, dan keagamaan. Kata Kunci : sejarah agama, gereja Protestan, zending, misionaris