Penelitian ini dilaksanakan pada Dinas Perhubungan Kabupaten Siak, dengan tujuan mengkaji penerapan sanksi dan motivasi terhadap kinerja organisasi dengan disiplin kerja sebagai intervening. Pengambilan sampel dilakukan dengan tabel Crejcie & Morgan (1970), dari populasi 281 pegawai negeri sipil menjadi 169 sampel. Teknik analisa data penelitian ini menggunakan statistik deskriptif dan analisis verifikatif, sebagai alat analisis digunakan Sctruktural Equational Model yang diproses dengan Software SmartPLS2. Hasil analisis membuktikan bahwa pada Dinas Perhubungan Kabupaten Siak, penerapan sanksi mempengaruhi kinerja pegawai; motivasi tinggi yang dimiliki pegawai akan meningkatkan kinerja; Penerapan sanksi yang adil mempengaruhi peningkatan disiplin kerja; Motivasi berpengaruh terhadap disiplin kerja; Disiplin kerja yang tinggi akan meningkatkan kinerja; penerapan sanksi tidak mampu mempengaruhi peningkatan disiplin kerja sehingga kurang memiliki efek terhadap kinerja pegawai. Artinya tidak terbukti bahwa disiplin kerja tinggi akibat penerapan sanksi bagi para pegawai akan mempengaruhi kinerja; serta tingginya disiplin kerja pegawai yang didorong motivasi tinggi akan meningkatkan kinerja.