Latar Belakang: ISPA adalah penyakit saluran pernapasan akut yang disebabkan oleh agen infeksius yang ditularkan dari manusia ke manusia. Tingginya kasus ISPA ditemukan di dua Pondok Pesantren yaitu pada Pondok Pesantren Raudhatul Ulum sebanyak 178 kasus dan Al-Ittifaqiah sebanyak 231 kasus.Metode: Penelitian ini merupakan penelitian kuantitatif dengan desain cross-sectional. Lokasi penelitian di asrama santriwati Pondok Pesantren Raudhatul Ulum dan Al-Ittifaqiah. Populasi penelitian ini adalah seluruh santriwati di kedua pondok pesantren tersebut dengan total sampel 72 santriwati. Variabel dependen dalam penelitian ini adalah kejadian ISPA pada santriwati, variabel independen dalam penelitian ini adalah Kualitas fisik udara (suhu, pencahayaan, kelembaban, laju ventilasi), kualitas biologi udara (angka kuman udara), kepadatan hunian, prilaku membersihkan ruangan, dan prilaku membuka jendela.Teknik pengambilan sampel yaitu random sampling dengan metode Stratified sampling. Analisa data dilakukan dengan uji chi-square.Hasil Penelitian: Hasil analisis bivariat diperoleh adanya hubungan yang signifikan pada suhu p= 0,013, kepadatan hunian p= 0,003, perilaku membersihkan ruangan p= 0,001, dan perilaku membuka jendela p= 0,012 terhadap kejadian ISPA. Tidak ada hubungan yang signifikan pada pencahayaan p= 0,401, kelembaban p = 0,170, laju ventilasi p = 0,489, dan angka kuman udara p = 0,170 dengan kejadian ISPA.Kesimpulan: Terdapat hubungan antara suhu, kepadatan hunian, perilaku santriwati membersihkan ruangan, dan perilaku membuka jendela dengan kejadian ISPA.Kata Kunci: ISPA, lingkungan fisik, angka kuman udara.