AbstrakPenelitian ini bertujuan untuk menganalisis implementasi nilai toleransi terhadap mahasiswa lintas keyakinan pada perguruan tinggi di Yogyakarta. Penelitian dilaksanakan di Universitas Sanata Dharma, Universitas Janabadra, Universitas PGRI Yogyakarta dan Universitas Sarjanawiyata Tamansiswa Metode yang digunakan dalam penulisan skripsi ini adalah deskriptif kualitatif. Sumber data diperoleh dari responden terdiri dari Mahasiswa lintas keyakinan dan penanggung jawab bidang kemahasiswaan. Teknik pengumpulan data dengan cara observasi, wawancara dan dokumentasi. Analisis data menggunakan metode deduktif yang terdiri dari reduksi data, penyajian data dan verifiaksi. Hasil penelitian disimpulkan bahwa Implementasi nilai toleransi terhadap mahasiswa lintas keyakinan pada perguruan tinggi di Yogyakarta diwujudkan melalui beberapa aspek, diantaranya, interaksi antar mahasiswa, kegiatan kemahasiswaan, bidang akademik, dan kebijakan yang diberikan perguruan tinggi terhadap mahasiswa lintas keyakinan. Kesimpulan yang menonjol berdasarkan hasil penelitian dan uraian tersebut ialah tidak ditemukannya perilaku dan kegiatan yang mengarah pada intoleransi, sehingga lingkungan perguruan tinggi berjalan dengan damai dan tentram tidak terjadi perpecahan antar mahasiswa lintas keyakinan.Kata Kunci : Toleransi, Mahasiswa Lintas Keyakinan, Perguruan TinggiAbstractThe research is to analyze the implementation of tolerant value between university students who have belief at universities of Yogyakarta.The research was done at Sanata Dharma University, Janabadra University, PGRI Yogyakarta University and Sarjanawiyata Tamansiswa University. This is a descriptive qualitative research. The data were collected from the university stundents who share different beloef and the student chancellor. To collect the data, the techniques used were observation, interview, and documentation. The deductive method were employed in analyzing the data that includedseveral steps : data reduction, data presentation, and verrification.The result shows that the implementaion of tolerant value is embodied in several aspects such as the interaction between students. The students activities, the studies progam, and the policies given by the universityto the students who have different belief. The researcher concludes the there is no intolerance so universities enviroutments are in piece; the reseacher didn’t found any conflict between the students.Key Words : Tolerance, students across beliefs, university