Kaidah-kaidah morfofonemik prefiks meng- bahasa Indonesia sudah dirumuskan dengan jelas, tetapi masih sering tidak ditepati adalam penulisan artikel jurnal ilmiah. Penelitian ini dilakukan dengan tujuan: (1) mengungkap bentuk ketidaktepatan penerapan kaidah morfofonemik prefiks meng- dalam artikel jurnal ilmiah dan (2) mengungkap kendala-kendala yang dihadapi dalam penerapan kaidah morfofonemik prefiks meng- pada artikel jurnal ilmiah. Data diambil dari delapan jurnal ilmiah yang bereputasi nasional. Data kalimat yang bergejala ketidaktepatan penerapan kaidah morfofonemik prefiks meng- bahasa Indonesia yang sudah dikumpulkan selanjutnya dianalisis dengan pendekatatan tata bahasa struktural. Hasil penelitian menunjukkan bahwa ketidaktepatan penerapan kaidah morfofonemik prefiks meng- bI pada artikel jurnal ilmiah terjadi pada tiga keadaan, yaitu (1) afiksasi prefiks meng- pada kata dasar yang menyerupai kata kata dasar sekunder, (2) afiksasi prefiks meng- pada kata dasar yang berbentuk kata serapan dari bahasa asing, dan (3) afiksasi prefiks meng- pada kata-kata yang sudah lama diberi kekecualian. Ketiga keadaan ini disebabkan oleh tiga faktor, yaitu (1) menyamakan kata dasar primer dengan kata dasar sekunder, dan (2) memberikan kekecualian pada kata-kata serapan dari bahasa asing, dan (3) terbawa oleh kebiasaan berbahasa yang lama.