Pemanfaatan teknologi digital dalam proses penyelenggaraan pemerintahan saat ini menjadi skala prioritas yang terus dikembangkan oleh pemerintah daerah. Untuk mewujudkan kualitas tata kelola penyelenggaraan pemerintahan yang transparan, akuntabel, efisien, dan efektif, maka pemerintah daerah berusaha menerapkan kebijakan inovatif berbasis sistem pemerintahan elektronik (SPBE) sehingga mempermudah masyarakat mendapatkan pelayanan publik yang optimal. Namun dalam prakteknya, penerapan layanan SPBE pada pemerintah daerah biasanya akan menghadapi banyak hambatan yang dapat berujung pada kegagalan. Penelitian sebelumnya lebih banyak membahas tentang kendala-kendala penerapan E-Government pada negara-negara berkembang. Jenis Penelitian ini yaitu penelitian kualitatif deskriptif. Data dalam penelitian ini diperoleh melalui wawancara, observasi, dan pengumpulan dokumen berdasarkan kuesioner Pemantauan dan Evaluasi SPBE sesuai Permenpan RB No 59 Tahun 2020 pada Pemerintah Kabupaten Maluku Tengah dan dilanjutkan dengan mengidentifikasi dan pengelompokkan data-data yang menjadi hambatan dalam penerapan layanan SPBE. Hasil penelitian menunjukan bahwa hambatan yang dihadapi oleh Pemerintah Kabupaten Maluku Tengah dalam menerapkan layanan SPBE dapat dikategorikan ke dalam 4 hambatan / aspek, yaitu kebijakan/regulasi, perencanaan dan anggaran, sumber daya manusia, serta infrastruktur TI. Hambatan-hambatan tersebut dapat menjadi rujukan bagi pemerintah daerah untuk melakukan perbaikan dalam implemetasi layanan SPBE sehingga kualitas pelayanan publik pada masyarakat menjadi lebih baik.