Pada zaman sekarang ini karakter menjadi persoalan serius yang dihadapi dunia pendidikan, terutama pada aspek karakter religius siswa. Hal ini dikarenakan karakter religius pada siswa masih sangat rendah sehingga penanaman karakter religius pada siswa menjadi suatu program yang sangat penting untuk direalisasikan di sekolah. Salah satunya di SMA Muhammadiyah Boarding School Yogyakarta yang menekankan aspek keislaman, perlu adanya pembinaan karakter religius siswa yang baik. Tujuan dari penelitian ini yaitu untuk mengetahui manajemen organisasi sekolah dalam membina karakter religius siswa di SMA Muhammadiyah Boarding School Yogyakarta. Sebagai sekolah boarding yang unggul, sekolah tersebut berupaya menciptakan budaya sekolah yang memiliki karakter religius sesuai pedoman Al-Qur’an dan Hadis serta nilai-nilai kemuhammadiyahan, sehingga dalam hal ini, sekolah secara khusus memiliki program pengelolaan tersendiri. Penelitian ini menggunakan pendekatan kualitatif-deskriptif dengan teknik wawancara kepada pihak sekolah. Hasil dari penelitian ini didapati bahwa manajemen organisasi sekolah yang dilakukan di SMA Muhammadiyah Boarding School Yogyakarta dalam mengembangkan karakter religius siswa terdiri dari perencanaan, pengorganisasiasan, pengawasan dan evaluasi dalam pembuatan program-program berupa pemberian ilmu keagamaan secara intensif, intervensi nilai-nilai keagamaan dalam semua mata pelajaran, program pembiasaan ibadah harian, peringatan hari besar keagamaan dan yang terpenting yaitu teladan nyata dari semua warga sekolah termasuk guru-guru sebagai pendidik, sehingga karakter islami menjadi bagian dari kebudayaan dan identitas tersendiri bagi sekolah.