Tujuan dalam penelitian ini yaitu untuk melakukan analisis dan penelusuran tentang fungsi audit internal dan sistem pengendalian internal yang ada pada Universitas Muhammadiyah Palopo. Penelitian ini menggunakan metode kualitatif dengan pendekatan Fenomenologi transendental Husserl dimana seorang peneliti harus melepas semua segala asumsi, presepsi, dan ilmu pengetahuan mengenai subjek penelitian untuk mendapatkan esensi paling murni dari data yang diperoleh. Fenomenologi transendental memberikan kesempatan untuk menjelaskan fenomena dalam term pembentukannya, dan esensi yang dapat di ambil. Sumber data utama dalam penelitian ini adalah kata-kata dan tindakan yang di dapatkan dari kegiatan wawancara.Berdasarkan Temuan penelitian mengindikasikan bahwa elemen-elemen sistem pengendalian internal yang diaplikasikan oleh Universitas Muhammadiyah Palopo cukup efektif dan mendukung praktik manajerial yang baik. Akan tetapi pada beberapa aspek juga masih mengandung beberapa kelemahan untuk diperbaiki yaitu, meningkatkan kepatuhan terhadap standar prosedur yang telah disusun dan tindak lanjut terhadap temuan permasalahan sehingga kemudian ditindaklanjuti dengan baik sehingga dapat ditingkatkan lagi kualitas pelayanan yang diberikan. Dan perlu adanya dokumentasi penilaian risiko oleh pimpinan Universitas dan unit kerja di lingkungan Universitas juga harus dilakukan secara spesifik, terukur, dapat dicapai, realistis, dan terikat waktu. Serta perlunya dikembangkan sistem informasi akuntansi untuk dapat menyajikan informasi saldo secara tepat waktu dan terintegrasi dengan aplikasi lain, misal sistem informasi anggaran, sistem informasi, sumberdaya manusia, dan sistem informasi aset. Sehingga peningkatan good university governance sehingga visi, misi dan tujuan Universitas dapat dicapai dengan efektif dan efisien. Persiapan secara serius atas sumber daya manusia (SDM) dalam menjalankan sistem perlu dilakukan untuk meningkatkan efektifitas penerapan sistem akuntansi.