Ikan tongkol merupakan salah satu jenis ikan yang memiliki nilai ekonomi tinggi dan penting sebagai sumber pangan bagi masyarakat. Meskipun secara morfologis ikan-ikan ini memiliki perbedaan yang cukup jelas, identifikasi yang akurat menjadi penting dalam pengelolaan sumber daya ikan tongkol yang berkelanjutan.Salah satu metode yang umum digunakan dalam identifikasi ikan adalah dengan menganalisis otolith. Tujuan penelitian ini adalah memberikan kontribusi penting dalam pemahaman tentang ikan tongkol lisong, komo, dan krai. Metode penelitian yang digunakan adalah observasional dengan turun langsung dalam melakukan pengambilan otolithh dan pengamatan otolithh di Loka Riset Perikanan Tuna. Teknik pengambilan otolith yang digunakan adalah Up through the gill dan Open the hatch. Hasil penelitian menunjukkan bahwa Bentuk otolith ikan tongkol lisong dan komo oval dan untuk bentuk otolith ikan krai oval memanjang, bentuk dorsal margin Ikan lisong dan krai sama yang berbeda bentuk dorsal margin komo, bentuk ventral margin Ikan komo dan krai sama yang berbeda ikan lisong,bentuk posterior dari ketiga ikan berbeda, bentuk rostrumĀ dari ketiga ikan sama, bentuka antirostrum dari ikan lisong dan komo sama yang berbeda ikan krai, bentuk postrostrum dan pararostum ikan lisong dan krai sama yang berbeda ikan komo. Perkembangan bagian tersebut seiring dengan pertambahan umur ikan dan pertumbuhan panjang ikan, jadi semakin besar ikannya maka akan semakin nampak bagian postrostrum dan pararostrumnya semakin jelas. Bagian inti otolith dari primordium sampai kepostrostrum dan pararostrum adalah bagian penting untuk preparasi sampel pendugaan umur ikan dan strukturnya paling kuat, maka pada saat melakukan diperlukan ketelitian agar sampel tidak hancur