Tujuan dari penelitian ini merupakan untuk mengidentifikasi suatu fenomena mengenai tantangan dalam menerapkan sistem hukum pidana islam di Indonesia. Penelitian ini menggunakan metodologi kualitatif dengan pendekatan deskriptif analitis. Teknik pengumpulan data yang digunakan yaitu studi kepustakaan (liblary search) yang kemudian data tersebut dianalisis berupa uraian mengenai hukum pidana Islam, tujuan sanksi dan tantangan dalam menerapkan sistem hukum pidana Islam yang kemudian dianalisis secara induktif. Hasil dari penelitian ini menyimpulkan bahwa tantangan dalam menerapkan sistem hukum pidana islam merupakan suatu tantangan yang bersifat kontemporer dan dinamis. Permasalahannya meliputi beratnya hukuman yang ditentukan, persepsi kejam dan tidak manusiawi, tidak adil, pelanggaran terhadap hak asasi manusia, tidak tertulisnya hukum pidana Islam di Indonesia, pluralitas penduduk Indonesia, banyaknya golongan, pemahaman serta pengetahuan keislamannya yang berbeda-beda seperti perbedaan doktrin hukum pidana islam, yang dimana hal ini mempengaruhi kandungan hukum pidana Islam dan menjadi tantangan dalam menerapkan sistem hukum pidana Islam.