Peneliti berniat untuk mencari tahu bagaimana Implementasi Manajemen Kesiswaan di MTsN 13 Jombang ini diterapkan sehinggga sangat penting dilaksanakan karena keberhasilan lembaga Pendidikan dalam peningkatan output pendidikan sebagai indikator mutu lulusan sangat bergantung pada efektifitas pelaksanaan manajemen kesiswaannya. Apabila manajemen kesiswaan sudah efektif, maka proses pembelajarannya pun akan baik sehingga menciptakan prestasi siswa yang signifikan. Penelitian secara umum memiliki tujuan sebagai berikut: 1. Untuk mengetahui rencana yang disusun dalam tata kelola manajemen kesiswaan yang telah dibuat di MTsN 13 Jombang. 2. Untuk mengetahui hasil implementasi manajemen kesiswaan yang dilakukan dalam peningkatan kualitas output di MTsN 13 Jombang. Penelitian ini merupakan penelitian kualitatif dengan menggunakan jenis pendekatan studi kasus, pengambilan sampel sumber data dilakukan secara poruposive dan snowball, teknin pengumpulan dengan triangulasi (gabungan), analisis data bersifat induktif/kualitatif, dan hasil penelitian kualitatif lebih menekankan makna daripada generalisasi. instrumen disini adalah peneliti sendiri dan orang lain yang terlatih. Pada manajemen kesiswaan ada beberapa system yang perlu diperhatikan yaitu, pada system input, progress dan output. Berdasarkan pada hasil penelitian yang dilakukan oleh peneliti bahwa, manajmemen kesiswaan yang dilakukan oleh MTsN 13 Jombang dilakukan oleh seluruh elemen dan unsur yang ada dalam sekolah, mulai dari guru, staf, siswa, wali siswa dan petinggi sekolah. Optimalisasi manajemen kesiswaan untuk meningkatkan kualitas output, memiliki beberapa cara yaitu, melalui akulturasui budaya input penyatuan antara latar belakang SD dan MI, kemudian pelayanan akademik berfokus pada kemapuan siswa baik kemampuan akademik ataupun non akademik. Selain itu pelibatan semua pihak oleh sekolah menjadikan manajemen kesiswaan yang terdapat di MTsN 13 Jombang menjadi lebih inklusif.