Teluk Jakarta telah mengalami eutrofikasi, terutama disebabkan oleh masuknya nutrien dari sumber pertanian, industri, dan perkotaan. Kelimpahan nutrien ini telah menyebabkan terjadinya marak alga yang signifikan. Studi dengan menggunakan data satelit Terra dan Aqua MODIS dari tahun 2004 hingga 2007 telah memantau marak alga ini dengan mengukur tingkat klorofil-a. Selama periode ini, terjadi kematian massal ikan yang secara langsung terkait dengan peristiwa marak alga, seperti yang dibuktikan dengan tingginya konsentrasi klorofil-a dan marak alge yang menutupi lebih dari seperempat teluk. Menariknya, tidak semua marak alge yang intens mengakibatkan kematian ikan massal. Studi tersebut menunjukkan bahwa kematian ini terutama disebabkan oleh kekurangan oksigen setelah periode marak alge mencapai puncak, yang diperburuk oleh sirkulasi air yang lemah di teluk ini. Penggunaan citra satelit untuk memantau marak alga adalah alat yang praktis untuk menerapkan sistem peringatan dini (EWS) di Teluk Jakarta. Citra satelit telah terbukti efektif dalam memantau marak alga ini dan dapat membantu mengembangkan sistem peringatan dini di Teluk Jakarta meskipun terdapat keterbatasan seperti adanya penutupan awan.