Penelitian ini merupakan lanjutan dari penelitian sebelumnya tentang pengembangan e-modul laju reaksi berbasis inkuiri terbimbing yang terintegrasi Al-Qur’an. Bahan ajar e-modul laju reaksi telah diuji validitas dan praktikalitas, namun belum dilakukan uji efektivitas terhadap hasil belajar peserta didik. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan efektivitas penggunaan e-modul laju reaksi berbasis inkuiri terbimbing terintegrasi Al-Qur’an terhadap hasil belajar peserta didik Madrasah Aliyah. Jenis dan desain penelitian yang digunakan adalah quasi eksperimen dan desain nonequivalent control group desain. Populasi penelitian adalah peserta didik XI MIPA MAN 3 Kota Padang, pengambilan sampel menggunakan teknik purposive sampling, yaitu kelas eksperimen XI MIPA 1 dan kelas kontrol XI MIPA 2. Instrumen penelitian yang digunakan merupakan tes tertulis dalam bentuk pilihan ganda. Berdasarkan analisis data, diperoleh N-Gain kelas eksperimen sebesar 0,72 dengan kategori tinggi sedangkan kelas kontrol sebesar 0,43 dengan kategori sedang. Hasil uji normalitas dan homogenitas menunjukkan bahwa kedua kelas sampel berdistribusi normal Dhitung > Dtabel dan homogen Fhitung(1,25) < Ftabel(1,99). Hasil uji hipotesis dengan uji-t pada taraf nyata 0,05 yaitu thitung(9,354) > ttabel(1,99) menunjukkan hipotesis diterima. Disimpulkan bahwa e-modul laju reaksi berbasis inkuiri terbimbing terintegrasi Al-Qur’an secara signifikan efektif meningkatkan hasil belajar peserta didik Madrasah Aliyah pada ranah kognitif.