Puskesmas merupakan unit pelaksana teknis Dinas Kesehatan Kota yang bertanggung jawab menyelenggarakanpembangunan kesehatan di satu atau sebagian wilayah kecamatan. Pelaksanaan surveilans epidemiologimerupakan salah satu upaya untuk mengatasi masalah penyakit menular maupun penyakit tidak menular,mengurangi kesakitan, mencegah kematian, penyembuhan penderita dan mencegah terjadinya peningkatanpenyakit. Tujuan penelitian ini adalah mendeskripsikan pelaksanaan Surveilans Epidemiologi Penyakit danpermasalahannya di Puskesmas se-Kota Kendari tahun 2016 dilihat dari pengumpulan data, pengolahan data,analisis dan interpretasi data serta diseminasi informasi. Jenis penelitian kualitatif dengan pendekatan studikasus. Informan dalam penelitian ini adalah seluruh petugas surveilans Puskesmas tahun 2016 di Kendari dankoordinator surveilans Dinas Kesehatan Kota Kendari. Hasil penelitian menunjukan pelaksanaan surveilansmeliputi pengumpulan data yang dilakukan hanya mencakup data kesakitan berupa laporan penyakit danpemakaian obat dari Poli Umum, Pustu dan laporan masyarakat setempat. Pengolahan data surveilansdilakaukan secara manual dan hanya memanfaatkan komputer disajikan dalam bentuk tabel, grafik dan tekslaporan belum sampai pada penyajian pemetaan data dengan pemanfaatan progam Geographycal InformationSystem (GIS). Analisis dan interpretasi data dilakukan berdasarkan variabel epidemiologi (orang, waktu dantempat) yang dilakukan secara manual. Penyebarluasan data belum efektif karena pelaksanaannya belumsepenuhnya memanfaatkan teknologi yang ada dan tidak rutin dilakukan setiap bulan. Â Namun, ketersediantenaga kerja, pelatihan dalam mendukung keterampilan petugas surveilans, serta sarana dan prasana yangterdapat di setiap Puskesmas belum berjalan efektif sehingga menghambat pelaksanaan surveilans.Kata kunci : Surveilans, Penyakit Menular dan Tidak Menular, Puskesmas.