Pesantren merupakan salah satu lembaga pendidikan tertua di Indonesia yang memainkan peran penting dalam perkembangan pendidikan Islam di nusantara. Berawal dari sistem pendidikan tradisional yang menekankan pada pengajaran kitab kuning dan nilai-nilai keislaman, pesantren telah mengalami berbagai transformasi signifikan sesuai dengan perkembangan zaman. Artikel ini bertujuan untuk mengkaji sejarah berdirinya pesantren, struktur pendidikan, serta kontribusi pesantren dalam pembentukan karakter dan intelektual umat Islam di Indonesia. Selain itu, penelitian ini juga mengeksplorasi tantangan dan peluang yang dihadapi pesantren berjuang melawan takhayul dan agama serta kepercayaan pada semua tuhan, karena pesantren awalnya dimaksudkan sebagai agama monoteistik. Setelah hadirnya pesantren baru, “nilai-nilai hitam” yang sebelumnya ada di lingkungan tersebut dikontraskan dengan “nilai-nilai putih” yang ditawarkan oleh pesantren, dan pesantren selalu keluar sebagai pemenang. Hasil kajian ini diharapkan dapat memberikan kontribusi bagi pengembangan kebijakan pendidikan Islam di Indonesia serta menjadi referensi bagi studi lebih lanjut mengenai lembaga pendidikan pesantren.