Lokasi penelitian terletak di perairan selatan Jawa bagian barat yaitu pada koordinat: 104-1070BT dan 5-9 0LS dengan wilayah kajian pada koordinat 104,4-106,50BT dan 6,8-7,80LS. Citra yang digunakan adalah citra Aqua MODIS level 3. Algoritma yang digunakan umtuk estimasi konsentrasi khlorofil-a adalah OC3M. Analisis temporal khlorofil-a dan SPL dilakukan dengan metode deret waktu. Untuk melihat hubungan antara khlorofil-a dan SPL dengan hasil tangkapan dilakukan analisis secara deskriptif dan regresi linier sederhana. Hasil penelitian menunjukkan bahwa rata-rata SPL tahun 2002-2007 berkisar antara 25-310C. SPL yang dominan pada wilayah penelitian adalah 29-300C. Pada Agustus dan September 2006 terjadi IODM (Indian Ocean Dipole Mode), dimana SPL lebih dingin dari biasanya. Secara umum kisaran khlorofil-a di wilayah penelitian sebesar 0,1434-1,3689 mg/m3. Kisaran yang dominan pada wilayah penelitian antara 0,4-0,1 mg/m3. Spektrum densitas energy khlorofil-a menunjukkan adanya fluktuasi antar tahunan dengan periode 30 dan 20 bulan. Selain itu, fluktuasi tahunan khlorofil-a terjadi pada periode 15, 12, dan 10 bulan. Untuk SPL, nilai densitas energy menunjukkan fluktuasi antar tahunan dan tahunan. Periode antar tahunan yang terjadi adalah 30 dan 20, sedangkan periode tahunan yang terjadi adalah 15, 12, dan 10 bulan.Kata kunci: Penginderajan Jauh Multispektral, Citra Aqua MODIS, Khlorofil-a, Suhu Permukaan Laut PhitoplanktonABSTRACTLocation of this research is in the southern waters of west Java with the coordinates: 104-1070BT and 5-9 0LS, and 104,4-106,50BT and 6,8-7,80LS. The image of Aqua MODIS level 3 was used in this study. Algorithm that is used to estimate concentration Chlorophyll-a is an OC3M. Temporal Analysis Chlorophyll-a and sea Surface Temperature (SST) method was applied with the progression of time. The relationship between Chlorophyll-a and SST with Pelagic fish yield was done descriptive and regression linier analysis. Result of research shows that average SST years 2002-2007 ranged between 25-310C. SST at the dominant area of research is 29-300C. In August and September 2006 has occurred IODM (Indian Ocean Dipole Mode), where SST colder than usual. In general, the range Chlorophyll-a research in the area was 0,1434-1,3689 mg/m3. In the range of research areas between 0,4-1,0 mg/m3 was found dominant. The energy density spectrum of chlorophyll-a annual fluctuations occurred in a period of 15, 12, and 10 months. For SST, the value of the energy density shows inter-annual fluctuations and annual, Inter-annual period is going 30 and 20 months, while the annual period is under 15, 12, and 10 months.Keywords: Multispectral Remote Sensing, Aqua Modis Image, Chlorophyll-a, Sea Surface Temperature, Phytoplankton