Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi faktor-faktor yang menyebabkan rendahnya motivasi belajar peserta didik pada pembelajaran biologi dengan materi pembelahan sel menggunakan model pembelajaran berbasis proyek (PJBL). Model pembelajaran ini diharapkan dapat meningkatkan pemahaman konsep dan motivasi belajar peserta didik, namun kenyataannya, sejumlah peserta didik masih mengalami kendala dalam mencapai motivasi belajar yang optimal. Penelitian ini menggunakan pendekatan kualitatif dengan metode studi kasus. Instrumen yang digunakan melibatkan observasi kelas, wawancara dengan peserta didik, dan analisis dokumen terkait. Data yang terkumpul dianalisis menggunakan teknik content analysis untuk mengidentifikasi pola-pola dan temuan utama. Hasil penelitian menunjukkan bahwa rendahnya motivasi belajar peserta didik pada pembelajaran biologi materi pembelahan sel dengan model PJBL disebabkan oleh beberapa faktor. Pertama, kurangnya pemahaman konsep awal peserta didik tentang materi pembelahan sel menjadi hambatan utama. Kedua, desain proyek kurang menarik dan tidak sesuai dengan minat serta kebutuhan peserta didik. Ketiga, kurangnya dukungan dari orang tua, keempat, pemahaman dari pihak guru terhadap model PJBL juga berkontribusi pada rendahnya motivasi belajar. Dengan memahami faktor-faktor tersebut, penelitian ini merekomendasikan beberapa strategi untuk meningkatkan motivasi belajar peserta didik. Guru dapat merancang proyek dengan konteks yang lebih relevan, memperkuat pemahaman konsep dasar sebelumnya, dan memberikan dukungan yang lebih intensif selama proses pembelajaran. Selain itu, pendekatan kolaboratif antara guru, orang tua dan peserta didik dapat ditingkatkan untuk menciptakan lingkungan pembelajaran yang lebih stimulatif dan interaktif. Penelitian ini diharapkan dapat memberikan kontribusi bagi pengembangan model pembelajaran biologi yang efektif dan memotivasi peserta didik dalam menghadapi materi yang kompleks seperti pembelahan sel.