Perairan Bedono merupakan kawasan pesisir yang terdapat banyak hutan mangrove. Hutan mangrove memiliki banyak fungsi yaitu contohnya sebagai tempat pemijahan (spawning ground), asuhan (nursery ground), mencari makan (feeding ground) dan merupakan tempat habitat dari biota air, akan tetapi ekosistem mangrove di Desa Bedono mengalami degradasi yang disebabkan oleh banjir rob, abrasi, dan aktivitas antropogenik yang terjadi di daratan seperti alih fungsi lahan, pertanian dan kegiatan rumah tangga yang menghasilkan limbah domestik, hal ini dapat merusak keanekaragaman hayati di sekitar perairan sehingga perlu dilakukan kegiatan biomonitoring untuk mengetahui kualitas perairan di kawasan perairan mangrove Bedono. Biomonitoring dilakukan dengan pemantauan kondisi kualitas dan perubahan suatu lingkungan tersebut. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis kualitas perairan dan Indeks Pencemaran (IP) pada kawasan ekosistem mangrove di desa Bedono. Penelitian dilakukan pada bulan Juli hingga Desember 2022 di lima lokasi dengan menggunakan metode purposive sampling. Hasil penelitian hasil perhitungan status mutu perairan dengan menggunakan Indeks Pencemaran bahwa pada bulan Juli hingga Desember menunjukkan kategori dari memenuhi baku mutu hingga tercemar sedang yaitu berkisar 0,569 – 5,345.