Indonesia adalah negara dengan kekayaan biodiversitas yang tinggi. Salah satu kekayaan biodiversitas tersebut adalah Ikan. Keanekaragaman ikan di Indonesia dapat dipengaruhi oleh kondisi ekosistem yang berbeda. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui dan membandingkan keanekaragaman jenis ikan pada ekosistem dengan kondisi yang berbeda. Penelitian ini dilakukan di Kali Opak Yogyakarta dan daerah inlet dan outlet Waduk Gajah Mungkur Wonogiri. Pengambilan sampel pada penelitian ini dilaksanakan pada bulan April hingga Mei 2023. Metode yang digunakan untuk penelitian ini adalah cara survey, memancing dan melakukan wawancara kepada pemancing di sekitar lokasi lalu data dianalisis deskriptif berupa gambaran, penguraian, dan analisis data penelitian yang diperoleh, dan menghitung indeks (kekayaan, keanekaragaman, dan kemerataan) dari masing-masing lokasi. Hasil dari penelitian ini adalah, pada Kali Opak, nilai Shannon_H 1.419, nilai Evenness_e^H/S 1.033, dan nilai Margalef 0.9568. Pada Inlet WGM, nilai Shannon_H 1.905, nilai Evenness_e^H/S 0.9596, dan nilai Margalef 1.484. Lalu pada Outlet WGM, nilai Shannon_H adalah 1.292, nilai Evenness_e^H/S adalah 0.9099, dan nilai Margalef adalah 0.8656. Perbedaan jenis ikan ditemukan antara Kali Opak dan kawasan inlet serta outlet Waduk Gajah Mungkur. Kali Opak memiliki 4 jenis spesies ikan, inlet Waduk Gajah Mungkur memiliki 7 jenis spesies, dan outlet Waduk Gajah Mungkur memiliki 4 jenis spesies. Beberapa spesies hanya ditemukan di satu lokasi penelitian. Meskipun inlet memiliki keanekaragaman sedang, semua lokasi penelitian memiliki kekayaan spesies yang rendah. Tingkat kemerataan spesies di ketiga kawasan hampir sama, menunjukkan tingkat kemerataan yang rata.