Materi genetika yang bersifat abstrak memerlukan media pembelajaran yang dapat memvisualisasikan konsep secara efektif. Rumusan masalah dalam penelitian ini adalah apakah terdapat perbedaan hasil belajar siswa antara penggunaan model Project-Based Learning (PjBL) dengan media 3D dari bahan bekas dan PjBL dengan video pada materi genetika (replikasi dan transkripsi DNA) di SMAN 1 Sambelia. Penelitian ini bertujuan untuk membandingkan hasil belajar siswa antara penggunaan model Project-Based Learning (PjBL) dengan media 3D dari bahan bekas dan PjBL dengan video pada materi genetika (replikasi dan transkripsi DNA) di SMAN 1 Sambelia. Penelitian kuasi eksperimen dengan desain pretest-posttest nonequivalent group ini melibatkan 35 siswa kelas XII IPA 1 sebagai kelas eksperimen 1 (media 3D bahan bekas) dan 32 siswa kelas XII IPA 2 sebagai kelas eksperimen 2 (video). Data hasil belajar dikumpulkan melalui tes pilihan ganda sebanyak 44 soal valid dan dianalisis menggunakan uji Mann-Whitney dan uji N-Gain. Hasil penelitian menunjukkan rata-rata kelas video (93,03) lebih tinggi daripada kelas media 3D bahan bekas (85,54). Namun, ketika peningkatan hasil belajar dianalisis menggunakan N-Gain (yang mengontrol kemampuan awal), perbedaan tersebut tidak signifikan (p = 0,104 > 0,05). N-Gain kelas video sebesar 65,60% (kategori cukup efektif) dan kelas media 3D sebesar 60,63% (kategori cukup efektif). Disimpulkan bahwa tidak terdapat perbedaan hasil belajar siswa antara penggunaan model Project-Based Learning (PjBL) dengan media 3D dari bahan bekas dan PjBL dengan video pada materi genetika (replikasi dan transkripsi DNA) di SMAN 1 Sambelia.