Penelitian ini mengkaji tutupan lamun pada delapan lokasi berbeda di Kabupaten Rote Ndao, Propinsi Nusa Tenggara Timur, Indonesia. Lokasi-lokasi tersebut meliputi kawasan konservasi Taman Nasional Perairan Laut Sawu di bagian Barat Daya dan di luar kawasan konservasi di bagian Selatan dan Timur, meliputi perairan terbuka serta terlindung dan habitat yang berdekatan dengan ekosistem mangrove serta terumbu karang. Penelitian ini mengungkapkan spesies lamun di seluruh lokasi, yaitu Enhalus acoroides, Cymodocea serrulata, Cymodocea rotundata, Thallassia hemprichii, Halodule pinifolia, Halodule uninervis, Syringodium isoetifolium, Halophila ovalis, dan Thalassodendron ciliatum. Thallassia hemprichii, C. serrulata, E. acoroides, dan C. rotundata umumnya mendominasi hamparan lamun di berbagai lokasi. Halophila ovalis memiliki persentase tutupan yang rendah namun merupakan jenis lamun yang sebarannya paling tinggi karena berada pada tujuh lokasi. Tutupan makroalga dan epifit pada daun lamun menunjukkan persentase yang beragam di setiap lokasi, yang mencerminkan variasi kondisi lingkungan. Selain itu, jumlah tegakan Enhalus acoroides bervariasi di antara lokasi, yang mempengaruhi perbedaan tutupan populasi lamun. Indeks keanekaragaman, kemerataan, dan dominansi memberikan gambaran mengenai dinamika ekologi di setiap lokasi, sehingga membantu dalam memahami distribusi dan komposisi komunitas lamun. Meskipun jumlah jenis lamun pada bagian Barat Daya lebih rendah dibandingkan bagian Timur, namun tingkat keragamannya lebih tinggi. Hasil uji ANOVA satu arah menunjukkan bahwa tidak terdapat perbedaan yang signifikan pada keanekaragaman lamun, jumlah spesies lamun, dan persentase tutupan lamun, baik di bagian Barat Daya, Selatan, dan Timur Pulau Rote. Hal ini menunjukkan bahwa ketiga wilayah tersebut memiliki struktur komunitas lamun yang cenderung sama, meskipun kondisi lingkungannya berbeda, sehingga perbedaan ekologis sifatnya lebih tergantung pada dinamika lingkungan pada tiap stasiun dibandingkan dinamika tiap wilayah. Kata kunci : keanekaragaman hayati, kondisi lingkungan, konservasi, persentase tutupan lamun, taman nasional perairan