Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi keberadaan dan potensi mikroflora alami pada ikan tenggiri (Cybium commersoni L.) dalam proses fermentasi tradisional pembuatan Budu, serta mengkaji aktivitas enzimatis yang berlangsung selama proses tersebut. Penelitian dilaksanakan dalam dua tahap utama, yaitu tahap penggantungan dan tahap penggaraman, yang menggunakan Rancangan Acak Lengkap Faktorial untuk menganalisis efek konsentrasi garam (0%, 10%, 20%, 30%) dan lama fermentasi (4, 8, 12, 16 jam) terhadap mikroflora alami. Tahap penggantungan bertujuan mengamati aktivitas enzimatis serta identifikasi mikroflora alami pada interval 4 jam. Hasil menunjukkan bahwa mikroflora alami yang berkembang pada tahap penggantungan dan penggaraman memiliki peran penting dalam mendukung fermentasi, di mana konsentrasi garam dan lama fermentasi berpengaruh signifikan terhadap aktivitas enzimatis dan keberadaan mikroorganisme. Penerapan hasil penelitian ini pada pendidikan sains memberikan kesempatan bagi siswa untuk memahami aplikasi praktis biologi dan mikrobiologi dalam konteks budaya lokal. Studi ini juga memperlihatkan relevansi pendidikan sains yang berbasis tradisi, memberikan wawasan tentang interaksi antara ilmu pengetahuan dan kearifan lokal yang dapat meningkatkan pemahaman siswa tentang bioteknologi tradisional.