Penelitian ini bertujuan untuk menganalisa tantangan-tantangan yang dihadapi dalam menjalankan otonomi daerah. Penelitian ini bersifat deskriptif kualitatif dengan menganalisa berdasarkan hasil-hasil penelitian terdahulu. Hasil penelitian menunjukkan Keputusan dalam memilih otonomi daerah sebagai cara untuk pemerataan Pembangunan dan pengurangan kesenjangan yang menjadi tujuan dari Pembangunan nasional telah menghasilkan berbagai keberhasilan. Meskipun demikian, setiap kebijakan yang dibuat tentu akan diikuti dengan berbagai masalah yang akan menjadi tantangan dalam pelaksanaannya. Tantangan yang dihadapi dalam proses otonomi daerah yaitu sinkronasi antara tujuan prioritas Pembangunan nasional dan daerah, kebijakan Pembangunan nasional dan yang paling krusial tentu saja pengelolaan keuangan daerah yang sangat rentan untuk dikorupsi